水稻是超过35亿人、约占世界范围内一半人口的主要粮食作物。水稻品种资源,尤其是地方品种资源,从其野生祖先在自然和人为的选择下不断进化,形成高水平的遗传多样性,是进行遗传改良的生物或非生物胁迫耐受性的主要来源。因此,比较地方品种和国外引进品种、选育品种的遗传多样性和结构,可为选育良种亲本提供可靠的依据,有助于改变我国现有选育品种遗传基础狭窄的现状,实现农业可持续发展。单核苷酸多态性(SNP)具有密度高、分布均匀的特点,已成为一种成熟有效的遗传变异检测技术,广泛应用于遗传多样性结构研究以及分子育种。本研究利用Illumina的Infinium技术手段定制全基因组SNP芯片,对471份中国籼稻品种(其中地方品种285份、国外引进品种94份、选育品种92份)进行遗传多样性和结构分析。主要结果如下:1.对本研究定制芯片包含的5291个SNPs位点进行了特征分析,结果表明大部分的SNPs位于基因间,其中42%位于非翻译区、内含子以及编码区等基因内,58%位于非基因区间。72.33%的SNPs标记间距少于75 kb并且所有的间距都大于0.5 kb。2.利用主成分分析、基于Nei距离的NJ树和基于模型的群体结构对本研究试验材料进行了遗传结构分析,结果均表明本研究所采用的地方品种、国外引进品种和选育品种等材料被明显分成3个亚群,并存在一定的重叠。3.对地方品种、国外引进品种和选育品种的遗传多样性进行了分析,结果表明地方品种的多态信息含量(PIC)和遗传多样性(GD)最高,并且72%SNPs标记在地方品种亚群内的最小等位基因频率(MAF)≥0.2,明显高于其中两个亚群。4.利用分子方差分析对地方品种、国外引进品种和选育品种三个亚群的进行了群体间遗传分化分析,结果表明亚群内的遗传分化高达90.61%。5.比较SNPs标记亚群间的PIC值分布,结果揭示它们之间的差异并非表现在全基因组整体上,而是某个位点或者某个染色体区段。6.对亚群间PIC值存在明显变化的3个染色体片段进行分析,将片段上的SNPs位点进行基因本体富集分析,结果发现不同亚群间的某些位点有着不同的分子功能或性状,并已被克隆或报道。7.分析不同亚群间如选育品种/地方品种、国外引进品种/地方品种、地方品种/选育品种和地方品种/国外引进品种的ROD值,分别找到了23、24、20、21个遗传多样性显著下降的非重叠窗口,其中有56、47、45、40个基因。