我国高等教育大众化的道路使我国的高等教育近年来获得了跨越式的快速发展,其突出表现为上世纪末我国高校的大扩招;招生规模的扩大为高校带来了资金短缺的“瓶颈”问题,在国家财政拨款和学杂费收入仅够维持高校目前自身运营的条件下,银校合作便成为了解决高校扩招资金短缺问题的主要方式。但在高校贷款过程中,却蕴含着巨大的负债风险。随着高校还贷高峰的来临,这种风险已初露端倪,严重影响了高校的正常运营,给高校的稳定发展带来了严重阻碍。本文运用新制度经济学的有关理论,从制度的层面,对高校负债风险的原因和应对进行了分析。认为高校和政府的委托代理问题造成了高校的过度负债;产权不明晰造成了高校自主性差、风险意识弱、运作效率低、交易成本高和浪费严重等现象;“高校产业性运作具体实施制度”的缺失弱化了高校的营利增值活动;这些是造成高校负债风险产生的原因。其相应的应对措施就是完善政府及高校的委托代理关系;建立股权多元化、产权明晰的现代高校法人财产制度;进行制度变迁,为高校通过产业性运作进行营利增值的活动提供制度保障。