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目的：本文旨在筛选儿童皮质发育障碍性癫痫中差异性表达的蛋白,从而以寻找其生物学标志物以及治疗的潜在靶点。方法：以儿童皮质发育障碍性癫痫脑组织(皮质发育障碍组)以及创伤后因颅内高压术后的儿童正常脑组织(对照组)为对象。采用同位素相对标记与绝对定量技术(isobaric tag for relative and absolute quantification, iTRAQ)结合双向液相色谱与串联质谱(2D liquid chromatograph electrospray tandem mass spectrometry,2D-LC-MS/MS)来鉴定儿童皮质发育障碍性癫痫差异性表达蛋白,对所获得差异性蛋白质进行生物信息学分析,从而筛选出具有潜在研究价值的候选蛋白。最后应用实时定量PCR和蛋白质免疫印迹,免疫组化方法验证这些候选蛋白在儿童皮质发育障碍性癫痫中的表达情况。结果：通过iTRAQ及2D-LC-MS/MS方法,一共鉴定出153种蛋白质在儿童皮质发育障碍性癫痫脑组织及儿童正常脑组织中有表达差异(其中在儿童皮质发育障碍性癫痫脑组织中64种蛋白质上调,89种蛋白质下调；P<0.05)。通过GO (Gene ontology)功能分析提示153种差异性蛋白主要参与酶催化活性的调节,蛋白质功能相互作用网状图发现transferri(TF)-. apolipoprotein A1(APOA1)alpha-2-macroglobulin(A2M).ATPase(ATP6V 1 A).vimentin(VIM)处于网状图的交叉点。通过实时定量PCR实验,免疫印迹实验以及免疫组化实验来验证TF, APOA1,A2M,ATP6V1A以及VIM的表达水平,结果提示这5种候选蛋白在儿童皮质发育障碍性癫痫脑组织中的表达趋势与质谱结果趋势一致。结论：采用iTRA Q结合2D-LC-MS/MS技术,能够有效地筛选出儿童皮质发育障碍性癫痫中差异表达的蛋白,从而在诊断及治疗方面为该病提供了潜在的生物学靶点及方向。