围绕中国第一起公开披露的非法种植转基因油菜案,引发社会各界对转基因农作物的广泛关注,政府与相关行政主管部门对转基因作物的管控越发严厉,此类案件也日渐增多,一定程度上有利于对转基因作物的监管,同时也暴露出一些问题。首先是转基因种子如何认定的问题,在非法生产转基因农作物案件中法院对转基因种子的认定均是依靠检测机构出具的报告,而种植者由于技术性问题只能依靠标识辨别转基因种子。由于我国对转基因生物采取定性标识制度,即只要含有转基因成分则由生产经营者根据规定进行标注,而现实中存在非转基因标识与转基因标识混乱的现象,此时对种植者而言非转基因标识是否起到与转基因标识同等效力是一个值得研究的问题。通过对我国关于转基因生物标识管理法律法规进行解释,应当认定非转基因标识对种植者而言具有公示效力。为避免经营者利用非转基因标识欺骗种植者的问题,未来对非转基因标识应当进行认证,认证后的非转基因标识完全具有与转基因标识同等的效力。关于农民审批豁免的适用,2001年5月23日颁布的《转基因安全管理条例》中规定了销售单位代理农民办理审批手续,而内蒙古非法种植转基因油菜案发生后,因法院判决引发的争议,立法者意识到该规定对转基因种子的统一监管存在障碍,于2017年10月7日对该条例进行了修改,其中两条内容被删去,被删除的正是第二十二条关于农民审批豁免的规定以及第四十九条种子销售单位未履行代办审批手续应受到的惩戒规则,此后非法种植转基因案件将无法适用农民审批豁免。对农民赔偿责任的承担,无论法院选择适用《合同法》还是《侵权责任法》均以成本数额确定赔偿范围,未考虑国家法律的特别规定,而按照特别法优于一般法原则,法院应当适用《种子法》确立的先行赔偿原则进行赔付,并且还应将农民可获得利益包含在赔偿范围之内。