研究以江西省吉安市境内的千烟洲农业生态系统为对象，在地下水水位水质数据资料的基础上，对“三氮”在地下水中的迁移转化规律及其影响因素进行分析，并将实地考察结果和经验数值相结合，综合考虑不同的土地利用形式、土壤反应活性等因素对研究区进行了合理分区和边界条件概化，利用Visual MODFLOW软件建立了地下水流动模型和污染物运移模型。研究结果表明：研究区中游出现严重的地下水氨氮污染，随着地下水埋深的增加，地下水中氨氮浓度受农田和橘园的施肥情况影响逐渐减小；研究区下游出现严重的地下水硝酸盐氮污染，降雨和农业生产是其在该区大量积累的主要原因；pH值、可滤态锰、总铁是影响地下水中“三氮”转化的主要因素，三者在不同的浓度范围内与地下水中“三氮”含量的相关性存在差异；通过对研究区雨季种植期的模型反演过程，得出降雨和农业生产共同影响下的地下水入渗强度和污染物的补给强度；应用模型预测今后五年研究区的氮污染区域和污染趋势，为优化农业生态系统的可持续发展方案提供依据，为保证区域内居民的用水安全，防止大范围流域水体富营养化提供理论基础。