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小分子荧光团标记蛋白质的特性与细节对生物学的研究至关重要。这里我们应用模式蛋白（牛血清白蛋白）和典型荧光团（罗丹明B、曙红B）研究了在物理吸附的直接标记方法下，二者互相结合的宏观现象及微观现象。通过结合排阻色谱以及离心沉降的方法，利用Scartchard公式，分别得到罗丹明B与曙红B在牛血清白蛋白上的结合个数为1和3，同时这两种方法在同一种小分子上得到的结合常数也很相近。然后利用Auto dock及Pymol软件模拟及预测了在生理环境下小分子荧光染料与牛血清白蛋白活性口袋的结合情况，发现罗丹明B与曙红B在牛血清白蛋白的中心空穴亲和力最强，并在氨基酸水平上展示了牛血清白蛋白与罗丹明B、曙红B的结合细节及构象变化。我们同时利用3D荧光技术辅助证实牛血清白蛋白与荧光分子的结合，并且因为结合荧光团个数的增多，牛血清白蛋白的3D荧光变化会增强，即曙红B对牛血清白蛋白构象的改变要强于罗丹明B。