我国教育行政体制中权力分配问题已成为制约教育事业健康发展的瓶颈问题，在高等教育领域，明确政府高等教育行政权的权力范围和内容，给予高等院校充分的自主管理权，理顺各级各类教育行政主管部门之间的职责和权限关系，是将我国高等教育行政体制改革推向深入的关键。　　高等教育行政权体现了国家和政府在高等教育中的作用和地位，也是政府通过行政行为干预高等教育的合法性前提。高等教育行政权是相对有限的，既不能无限扩张，在行使时又不能不受约束。高等教育行政权具有权力行使主体的多元性、权力行使对象的特殊性、权力行使的协同性、权力行使和权力分配模式的多样性和权力行使手段的综合性的特点。　　当前，我国高等教育行政权的政府间分配模式改革逐渐向纵深发展，但各种体制性的障碍和弊端仍然很明显。其中包括现有高等教育行政权的政府间分配模式中，省级教育行政部门的权限严重不足;高等教育行政权的府际划分重视行政控制，对高等院校的服务观念较为淡薄;高等院校办学自主权受限，使高等教育行政权政府间分配的范畴并不明确;高等教育行政权的政府间分配有“上收”趋势;中央和地方在高等教育行政权的具体内容划分上失衡;高等教育行政权在政府各部门间的分配导致权力主体分散，严重影响教育行政权的权威性等。　　在制度设计方面，我国高等教育行政体制中存在的“职责同构”现象是造成高等教育行政权的权力范畴模糊，纵向间分权出现“集分反复”，横向间权力过于分散等问题的重要制度原因。　　在高等教育行政权政府间分配的实际过程中，教育支出占财政支出和国内生产总值的比重较低，导致我国高等教育普遍存在的经费不足问题，是影响高等教育行政权政府间分配状况的首要因素。我国僵化的行政管理体制和大一统的政治传统，使高等教育行政权本身的内容和行使方式都难以适应现代高等教育发展的要求，这是导致高等教育行政权政府间分配问题的重要因素。官本位文化和长期的人治传统，是造成我国高等教育行政权在进行政府间分配的实际过程中出现偏离的文化因素。我国高等教育行政权行使中重人治、轻法治的状况仍然存在，参与权力分配的各级政府部门背后的部门利益成为问题的重要原因。　　从国际范围内看，高等教育行政权的政府间分配模式均倾向于中央和地方合作的均权模式，为了改善当前我国高等教育行政权的政府间分配状况，应当扩大对地方政府在高等教育行政权政府间分配中的权限安排，特别是明确并扩大省级政府管理省属高等院校时的行政权限。调整对高等教育经费的财政负担分配，充分重视下放至省级政府管理的原中央各部委直属高校的发展问题。在划分高等教育行政权与高校自主权的范围和界限时，要确立高等院校的教育主体地位。应进一步推动政府职能转变，一方面强化教育行政的服务性质，另一方面也要改进政府行政的作风和方式。在政府机构改革的过程中，进一步集中同级政府内的高等教育行政权力，做到职、权、责的统一。