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为了解浮游原生动物在特定海水养殖环境中的生态学功能和地位，本工作以大亚湾大鹏澳海域某养殖区（鱼类、贝类）和非养殖区（自然海水）为采集地对浮游原生动物的群落结构、主要种群演替及其与环境因子间的关系进行了比较性研究。同期对水体多种生态因子（水温、盐度、溶解氧、pH、氨态氮、硝态氮、亚硝态氮、磷酸盐、硅酸盐）进行了采集测定。采集周期为12个月（2007年5月至2008年4月）。
研究结果表明：
1）两养殖区N、Si营养盐的年均含量高于非养殖区：总氮（μg/l）：养殖区鱼排（173）>贝排（99）>非养殖区（95），硅酸盐（μg/l）：养殖区鱼排（285）>贝排（186）>非养殖区171；养殖区 DO、pH的年均含量低于非养殖区；
2）环境因子主成分分析结果表明，氨态氮、水温、硝态氮对第一主成分值做出主要贡献；磷酸盐、硅酸盐对第二主成分值做出主要贡献；亚硝态氮和溶解氧对第三主成分值做出主要贡献；
3）共采集鉴定出浮游原生动物25种，隶属于6个目，14个属。各站点浮游原生动物种类数分别为 20（鱼排）、16（贝排）和12（非养殖区）种。3站点共同出现 7 种浮游原生动物，分别为尖底类瓮虫（Amphorellopsis acuta），开孔真丁丁虫（Eutintinnus apertus），波特薄铃虫（Leprotintinnus bottnicus），简单薄铃虫（L.simplex），波罗的拟铃虫（Tintinnopsis baltica），根状拟铃虫（T.radix），妥肯丁拟铃虫（T.tocantinensis）。砂壳类纤毛虫为全年浮游原生动物的优势类群；
4）浮游原生动物总丰度为50-3000 ind./L。3个站点浮游原生动物丰度季节性变化具有明显的规律性，夏、冬季明显高于秋、春季，养殖区浮游原生动物丰度明显高于非养殖区；
5）养殖区浮游原生动物的物种数量、均匀度、丰富度和多样性指数的波动变化曲线与非养殖区的相比具有平均值高、振幅小的特点。聚类分析表明，养殖区的浮游原生动物群落结构具有很高的同质性，与非养殖区的浮游原生动物群落结构具有明显差异；
6）多元统计分析表明，浮游原生动物群落结构中的大部分参数与养殖水体的环境因子具有显著的相关性：其中物种数量、物种丰富度和多样性指数与盐度、pH呈显著性正相关（P<0.05），均匀度指数与pH呈显著性正相关（P<0.05），氨态氮和亚硝态氮与物种丰富度呈显著性负相关（P<0.05），氨态氮和与多样性指数呈显著性负相关（P<0.05），与物种数量呈极显著性负相关（P<0.01），亚硝态氮与物种数量呈显著性负相关（P<0.05）。浮游原生动物丰度和多个环境因子存在明显的相关性，水温、pH、氨态氮、亚硝态氮是影响浮游原生动物丰度的主要因素。