非合作直扩信号的扩频序列估计方法是实现盲解扩并恢复出信息的重要组成部分，对它的研究是通信对抗领域的重要课题。直扩信号又可分为短码直扩信号与长码直扩信号。尽管过去对直扩信号扩频码估计方面取得了很多进展，但其研究对象多为短码直扩信号，而对于低信噪比下长码直扩信号特别是非周期长码信号的扩频码序列估计难度较大，公开研究结果较少。本文针对非合作情况下长码直扩信号的周期估计和扩频码序列估计问题展开研究，主要贡献归纳起来包括如下几个方面：1.研究了短码直扩信号周期估计常用的三种方法，并将其扩展到长码直扩信号，仿真分析了三种方法之间的关系，并验证了其在长码直扩信号周期估计中的有效性。2.研究并仿真了特征分解法在长码直扩信号扩频序列估计中的应用，针对特征分解法中存在的标量模糊问题，分析改进了基于移位相加性的信息码剥离算法，仿真验证了改进后算法性能有所提高。并将改进后信息剥离算法运用于非周期长码直扩信号扩频码估计中，仿真结果表明性能好于其他特征分解算法。3.研究了三阶相关法的原理，分析了三阶相关法在噪声和信息码影响下的性能，研究了两种基于三阶相关的非周期长码扩频序列估计算法，仿真考察了算法在不同条件下的性能变化，最后对非周期长码特征分解法与三阶相关法的性能做出仿真比较。