蒙文通民族史研究的专著主要有《古史甄微》、《周秦少数民族研究》及《越史丛考》,民族史研究在他整体学术研究中颇具代表性,贯穿了他学术生涯的始终。蒙文通是一个跨时代的人物,一生经历了晚清、民国和新中国,时代的变迁致使其学术研究也发生重要的改变,早期由经学向史学转变,建国后向马克思唯物史观靠拢,时代变迁与自身学术探索共同推动着蒙文通学术发展。蒙文通民族史研究按研究对象的不同可以分成两部分,即华夏民族史研究和少数民族史研究。华夏民族史研究中有诸多著名论断,如对三皇五帝的探究、关于中华民族起源问题的探究及“太古民族三系说”。华夏民族史研究的主要观点都集中在《古史甄微》一书中,《古史甄微》的创作背景与当时整个学界潮流和时代背景关系密切。蒙文通少数民族史研究在相关研究领域具有重要的参考意义。蒙文通民族史研究是建立在考据学基础上的,同时结合学界潮流和时代背景形成“新历史考据学”。蒙文通民族史研究的基本方法包括:注重其他学科在民族史研究中的运用、中西对比的研究方法及广泛搜集材料注重归纳总结的研究方法。蒙文通民族史研究是以维护儒家传统文化为宗旨的。蒙文通民族史著作中体现出的史学思想包括爱国主义史学思想、注重释古的史学思想及其建国之后向唯物史观转变的史学思想。