FDI的大量流入和劳动力在城乡、区域间的大规模流动是改革开放以来我国要素市场的两个重要特征。从二元经济的角度出发，两者既存在着深层次的联系，又呈现出异于经典二元模型的特殊性，值得进一步地探讨；另一方面，内生增长理论为创新的“内生”提供了理论依据，因而地区资本、劳动力和区域创新能力的同向增长易产生两者是否存在互动关系的疑问。目前学术界对上述问题的相关研究较为缺乏，本文拟对此作一点有益的补充。在对相关文献进行回顾和总结的基础上，本文以二元经济理论和内生增长理论为依据，采用特征分析法和矛盾分析法对二元经济视角下FDI、劳动力流动的一般性和特殊性问题进行了研究，并以此为基础，结合数理模型推导和实证检验探讨了FDI、劳动力流动和区域创新能力增长的互动关系。研究表明，FDI和劳动力流动实质上是二元经济理论在我国的实现和特殊表现，且二者和区域创新能力的增长存在着互动关系，主要体现在“生产效应”、“溢出效应”、“反馈机制”和“低端锁定”四个方面。对此，本文提出及时调整区域经济结构、促进结构调整和技术进步的同步发展、加快沿海地区产业的转型升级、提高人口素质等几点有针对性的政策建议。