杉木（Cunninghamia lanceolata(Lamb.) Hook.）是我国南方重要的速生用材树种。为了开发有效的分子标记，用于杉木遗传多样性和分子辅助育种的研究与应用，本研究分析杉木转录组序列的SSR分布情况，设计其相应的EST-SSR引物，并利用筛选出的多态性引物对来自11个原产地的150株杉木无性系进行基因型分析。在EST-SSR位点连锁不平衡和供试材料群体结构分析的基础上，利用TASSEL软件，对获得的分子标记与杉木无性系的3个重要表型性状进行关联分析。实验主要研究结果如下：(1)杉木无性系生长材性相关性状的系统分析表明，150个无性系的基本密度一般分布在0.3123-0.3454g.cm-3之间，心边材比值大多数分布在1.9824-3.0652之间，胸径在21.22-27.02cm之间。对杉木个体间及11个原产地间的生长材性相关性状分别进行方差分析。结果得出：杉木心边材比值在个体间差异不显著，而胸径和基本密度在个体间差异显著；在11个原产地间，胸径和心边材比值差异显著，而基本密度差异不显著。(2)利用MISA软件对83248条杉木转录组序列进行SSR位点的发掘，其中含SSR位点的序列7129条，SSR位点8628个，发生频率为8.36%，三核苷酸重复是最主要的SSR类型，占56.88%。105对引物的筛选结果显示，95对EST-SSR引物能扩增出理想的PCR产物，其中有30对引物揭示出多态性。(3)30对多态性引物扩增获得的等位基因数最多为6个，最少为2个，平均等位基因数为2.47。30个微卫星标记的多态性信息含量(PIC)为0.0134-0.4752，平均为0.3074。POPGENE结果表明150个杉木无性系的有效等位基因平均数为1.5350，Shannon多样性指数为0.5120。群体遗传结构分析将150个杉木无性系划分为4个亚群。通过关联分析，发现有1个与密度显著关联的位点。这些研究结果表明，利用杉木EST序列开发的EST-SSR引物能够应用于杉木的遗传多样性分析，相关的分子标记将为杉木的分子辅助育种提供基础。