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目的:筛选并初步鉴定与参与相关信号通路的DNMT1高表达相关的LncRNA,为深入探讨疾病机制提供理论依据。方法:以前期构建的食管上皮DNMT1高表达细胞株为实验组(3例),正常食管上皮细胞株HEEC为对照组(3例),利用Agilent Human LncRNA V5芯片检测DNMT1高表达和正常细胞株的LncRNA和mRNA的差异表达,以Fold Change≥2.0,P<0.05为标准进行显著差异的筛选;实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time PCR)SYBR Green验证差异倍数较大的10条LncRNA;采用基因本体(GO)功能注释分析法和KEGG通路分析法,对差异表达的mRNA进行功能注释与分析;根据KEGG结果挑选出6条信号通路进行LncRNA-mRNA共表达网络分析。结果:1、显著差异表达的LncRNA共有6987个,其中表达上调的有3654个,表达下调的有3333个;显著差异表达mRNA共有7421个,表达上调的2254个,表达下调的5167个。2、qRT-PCR验证筛选出的10个LncRNAs,全部与芯片结果吻合,分别为:lnc-OR1M1-1:1,lnc-IGFBP3-1:1,PVT1,ENST00000505089,ENST00000568998,lnc-ST8SIA4-8:1,lnc-ZNF530-1:1,TUG1,MALAT1,ENST00000436710。3、GO分析显示,在表达上调的mRNA中,分别与生物过程、细胞组件、分子功能相关的mRNA有1825、1817、1937个,与之对应富集程度最高的功能分别为凝血、细胞外间隙、蛋白二聚体活动;下调的mRNA中,分别与生物过程、细胞组件、分子功能相关的mRNA有3517、3283、3655个,与之对应富集程度最高的功能分别为病毒过程、细胞质、蛋白结合。4、Pathway分析显示,有9条通路受上调的mRNA调控,在自然杀伤细胞介导的细胞毒作用,糖胺聚糖的生物合成硫酸软骨素/硫酸皮肤素以及合成类固醇等多条生物学途径出现了明显的富集;有46条通路受下调的mRNA调控,在核糖体、胰腺癌、ErbB信号通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞信号转导,鞘脂类信号通路以及P53信号通路等多条生物学途径出现了明显的富集。5、共表达网络分析显示16个LncRNA与P53信号通路中的8个mRNA共表达;22个LncRNA与11个mRNA在ErbB信号通路中相互作用;19个LncRNA与8个mRNA在幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞信号转导中相互作用;19个LncRNA与5个mRNA在鞘脂类信号通路中相互作用;21个Lnc RNA与12个mRNA在PI3K-Akt信号通路中相互作用;22个LncRNA与9个mRNA在自然杀伤细胞介导的细胞毒性中相互作用。结论:通过芯片分析发现了食管上皮DNMT1高表达细胞和正常食管上皮细胞中差异表达的Lnc RNA和mRNA。KEGG分析发现差异表达的mRNA富集在核糖体、胰腺癌、ErbB信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性以及类固醇生物合成等多条通路。Lnc RNA-mRNA共表达分析得到了参与P53信号通路、ErbB信号通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞信号转导、鞘脂类信号通路、PI3K-Akt信号通路以及自然杀伤细胞介导的细胞毒性的LncRNA。