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随着当代高通量测序技术的发展,DNA(deoxyribonucleic acid)条形码技术已经逐渐被用于肉类产品的溯源系统建立中。有利于保护生物多样性,促进物种资源的可持续利用以及为生物来源的新产品的开发提供知识和理论基础。为了保护湖南当地的特色品种,本研究选用了我省宁乡县的优质品种——宁乡猪,对宁乡猪个体身份的DNA识别进行了研究,用于猪个体身份识别及其产品的溯源。本研究结果如下:1.引物1(+122)、引物1(+242)、引物2(+42)、引物3(+254)这4个SNP位点在宁乡猪和陆川猪两个不同品种中的基因型频率和基因频率均具有不同程度的差异。其中在引物1(+122)位置,CC、CT、TT在宁乡猪中分布差异不大,在陆川猪中CC占据主要地位,CT有极少量分布,没有TT基因型。在引物1(+242)位置,SNP在宁乡、陆川这2个中国地方特色猪种中,基因频率也呈现极端分布,C基因的频率在宁乡猪中占82.0%,在陆川猪中达到100%,基因型频率则由CC基因型占据绝对优势。在引物2(+42)位置,在宁乡猪中GG占主导地位,AG、AA极少数分布,在陆川猪中全部表现为GG基因型。在引物3(+254)位置,SNP在宁乡猪和陆川猪的分布较一致。2.引物3共获得6个SNP,从+160、+161、+254这3个SNP中能够看出,+160和+254这2个SNP所组成的基因型只有AGAG,GGGG,AAAA这3种基因型,在其余27个样品中这2个SNP也只能组成这3种基因型,说明在该群体中,若排除新的SNP出现,则+160和+254这2个SNP只有AA和GG这2种单体型,SNP完全关联,所以在+160和+254中取+160一个用作个体鉴定即可。而+160、+161的SNP共可组成AGCT,GGCC,AATT 3种基因型,推断这两个位置有AC,GT,GC,AT这4种单体型,SNP没有完全关联,所以+160和+161两个位置都可用于个体识别。3.通过连锁不平衡分析及杂合度筛选,最终选定杂合度含0.10的25个SNP用于宁乡猪的个体身份识别及猪肉产品溯源的条形码编制。将宁乡猪30头猪样品的基因型制作成条形码,本文所选用的SNP组成的基因型可完全区分实验中的30头宁乡猪。4.我们所采集的30头宁乡猪样品中,5对引物扩增产物分别分离出了7、7、7、6、3种基因型种类。理论上这些基因型种类总共有7×7×7×6×3种组合方式,即可以对6174头宁乡猪进行个体身份识别。因此,我们通过测序峰图选择出的25个有效SNP可以编制出相应的DNA条形码以及数字条形码,基本满足一般规模猪场宁乡猪的个体身份识别。其他品种的个体鉴定也需要寻找到自身的杂合性SNP位点,然后进行SNP条形码编制,才能提高个体身份识别的准确性。