为了奠定分子系统学研究中信息管理和数据分析工作的坚实基础,本文建立了分子系统发育分析平台.该平台为研究人员提供专业数据库服务和数据分析技术支持,以及相关的网络资源.分子系统发育分析平台包括了3个专业数据库.第一个是DNA凭证标本数据库.该数据库中的记录包括了7项字段:英文科名、中文科名、物种拉丁名、采集人、采集号、采集地和采集时间.用户可以通过设定单个或多个字段的取值进行检索.截止2004年6月1日,该数据库共包括3491条标本记录.第二个是引物数据库.PCR引物是分子系统学实验的重要条件之一.该数据库中的记录包括3项字段:引物名称、序列内容和退火温度.用户可以通过设定单个或多个字段的取值进行检索.截止2004年6月1日,该数据库共包括170条用于扩增植物细胞核、叶绿体和线粒体基因组DNA序列的引物记录.第三个是生物计算数据库.该数据库为研究人员提供传输和保存序列分析数据和结果文件的服务.为了确保数据库的安全性和使用性,开发了数据库的接口和检索工具,以及系统管理员和用户资格认证程序.通过前者,使用者可以进行数据的上传、下载、管理和检索等操作.而后者则是对不同使用者身份和权限进行设定.管理员的权限高于用户,主要负责本系统的日常维护和管理工作,以及对新增管理员和用户进行资格认证.分析技术支持旨在帮助用户快速掌握常用的系统发育分析方法,进行有效的数据分析,从复杂的统计学算法和计算机程序中解放出来,将精力集中于计算结果的生物学解释.在该部分中,首先简要介绍了常用的分析方法,并目针对分子系统学中的不同问题提供了相应的解决方案.这些问题包括:系统发育重建、替代速率和分歧时间的估计、祖先分布区的重建、性状进化假说的检验、以及密码子水平适应性进化的检测.我们特别强调了似然比检验和贝叶斯推测作为方法论上的重要进展在分子系统学中所发挥的关键作用.此外,该平台还提供了一些常用的网络资源地址,如生物信息中心、分子进化和系统发育实验室、专业期刊和相关数据库等.最后还给出了4个应用实例,即针对特定分子系统学问题的解决方案和初步的分析结果.