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从遗传本质上提高家畜的抗病力，实施抗病育种，培育抗病新品系，是当前种猪育种中研究的热点之一，也是解决目前种猪生产性能高而抗性低这一问题的有效途径。本实验猪群为长白种猪，父母代包括17头公猪、36头母猪，子代有306头，父母代及子代全部进行了基因型检测，子代在1、17、32日龄采集抗凝血和非抗凝血，用于血常规18项和三种抗体水平检测。本项目选取了IFN-γ-+1165+A位点和TAPI-exonⅢ-Bsp143 Ⅰ位点进行多态性研究，结合个体免疫指标的检测及现场生产记录和健康状况，探讨了相关指标和这些功能基因的应用前景。
基因群体遗传学分析：
检测了PCR-SSCP-IFN-γ和PCR-RFLP-TAP1多态性在306头长白猪中的分布，发现前者是A等位基因占优势，后者是B等位基因占优势，前者的杂合度和香农指数都较后者高，两个基因的多态位点在长白猪群中处于一个自由交配(Hardy-Weinberg平衡)的状态(P>0.05)。
免疫指标、生产指标的的分析：
1)猪的日龄、健康水平是影响猪蓝耳抗体、猪瘟抗体、白细胞、红细胞、血红蛋白的两个重要因素，不同日龄和不同健康水平下各个指标差异显著
2)相关分析发现，随着日龄的增长，所测免疫指标的平均值的趋势有上升趋势、下降趋势、先下降后上升趋势三种情况且各个免疫指标之间存在着强相关
3)生产性状之间存在着强相关。
4)免疫指标与生长性状的相关分析发现，既有显著正相关又有显著负相关。
基因与生产性状、免疫性状间的关联分析：
1)运用SAS软件包中的混合模型对基因多态位点与仔猪生产性能进行关联分析，结果发现IFN-γ基因内含子1的SNP位点对管围、后躯评分、0-100kg日增重有显著影响(P<0.05)，而且对肌肉厚度有极显著影响(P<0.01)：TAP1基因外显子Ⅲ的SNP位点对后躯评分有显著影响(P<0.05)，而且对繁殖指数有极显著影响(P<0.01)
2)运用SAS软件包中的混合模型对基因多态位点与免疫性状的关系进行统计分析，结果发现TAP1基因外显子Ⅲ的SNP位点与1日龄的RBC分布宽度及17日龄的蓝耳抗体和淋巴细胞绝对值相关显著；IFN-γ基因内含子1的SNP位点与1日龄的猪瘟抗体和伪狂犬抗体及32日龄的平均血红蛋白浓度相关显著。
3)进一步说明，TAP1和IFN-γ基因可作为猪抗病育种中与免疫性状相关的候选标记基因。
疾病诊断模型：
本研究建立了一种基于SVM的疾病早期预测方法，一共得到了平均血红蛋白量、红细胞、血红蛋白、红细胞压积、白细胞、淋巴细胞、猪瘟抗体、蓝耳抗体等27个具有较高区分能力的免疫性状。