贵州省和辽宁省是我国食用菌栽培生产发展非常快的地区，因真菌污染或病害造成突出问题。本文从地域明显的贵州省铜仁市和辽宁省多地，采集黑木耳，海鲜菇，灰树花，香菇，平菇，滑菇和金针菇7种食用菌的感病样本61个，对其病组织进行真菌的分离和纯化，采用形态学和分子生物学方法鉴定，对其种类多样性进行分析，旨在揭示两省食用菌栽培生产中污染或病原真菌种群及危害，为其在生产中的病害防控提供理论依据。　　采用稀释涂布平板法及病组织直接接种法，共分离真菌213株，经形态学鉴定23属52种，包括青霉属13种，木霉属8种，曲霉属7种，镰孢菌属2种，孢子丝菌属2种，其它属20种。通过rDNA-ITS和微管蛋白β-tubulin基因序列分析，共鉴定污染真菌25属52种，其中4种为未确定种，分别是暗萨拉霉属（Phaeoisaria sp.），木霉属（Trichoderma sp.），镰孢属（Fusarium sp.）和胶角耳属（Calocera sp.）。在鉴定的真菌中，中国新记录种7个，子午青霉属（Penicillium meridianum），相似小鼻枝霉（Rhinocladiella similisde），祖姆鲁粘束孢（Graphium jumulu），杂食孢子丝菌（Sporothrix variecibatus），木生郝氏菌（Hawksworthiomyces lignivora），镰刀类枝顶孢菌（Xenoacremonium falcatum）和柱生孢子丝菌（Sporothrix stylites），中国新记录属2个，郝氏菌属（Hawksworthiomyces）和类枝顶孢属（Xenoacremonium）。　　从两省多地食用菌栽培污染菌棒上分离鉴定的真菌种类而言，青霉属种类最多，13种；其次木霉属8种，曲霉属7种。从污染真菌分离率而言，木霉属分离率最高，为37.56%；其次青霉属15.02%，曲霉属10.33%，镰孢菌属8.45%，脉孢属4.23%，孢子丝菌属4.70%，其它属占19.71%。从研究结果分析，发现食用菌栽培生产中发生的污染真菌种类较多，具有明显的种类和生态分布多样性，且在真菌属或种发生上也表现出明显的多样性。从栽培的食用菌种类来看，不同食用菌栽培菌棒分离污染真菌在属和种水平上明显不同。本文在世界上首次从食用菌栽培菌棒上分离到孢子丝菌属真菌，该属真菌的分离频率从大到小依次为金针菇，滑菇，黑木耳，香菇。从贵州和辽宁两省不同地域而言，同一栽培品种香菇上的污染真菌种群组成不同，在污染真菌属和种水平上明显不同。