土地承包经营权是我国法律中特有的概念，是中国农村进行集体经济制度改革的产物。它是指农业生产经营者以农业生产为目的而对其承包的农民集体所有和国家所有的由农民集体使用的土地所享有的占有、使用、收益的权利。《中华人民共和国民法通则》首次对土地承包经营权的概念做了法律上的界定，但并未涉及其具体内容。2002年颁布的《农村土地承包法》对土地承包法律关系内容作出了较明确、具体的规定，这在很大程度上填补了我国的土地承包法律制度的空白。2007年《物权法》的颁布，将土地承包经营权作为用益物权的一种对其设立、流转、消灭等问题进一步细化，确立了土地承包经营权的物权地位，为将农村土地承包经营权纳入到法律化、制度化的管理轨道奠定了基础。然而，随着社会经济的不断向前发展，农村土地承包经营权流转步伐日益加快,农村土地流转的矛盾冲突不断加剧。现有的法律制度仍然无法满足农村土地承包现状的需要，2013年以来，在农村土地承包经营权问题原有的矛盾还没有完全化解的同时，又出现了一些新的情况和亟待解决的问题。在此背景下，本文以吉林省扶余市人民法院审理的案件为分析对象,以农村土地承包经营权纠纷诉讼情况进行的调查资料为主要依据，从农村土地流转法律冲突的现状着手，通过调查发现农村流转土地占总耕地的比例呈上升趋势，农村土地承包经营权纠纷案件数量激增，仔细疏理了农村土地承包经营权纠纷案件的类型以及农村土地承包经营权纠纷呈现的基本特征。从当前土地流转法律冲突的基本状况和主要问题着手，分析出了农村土地流转法律冲突的原因主要在于土地流转的市场还不够健全、规范性有待加强，农村土地所有权和使用权界定不清，新型的流转方式缺乏明确的法律保障，村规民约对土地承包经营权施加管制效力不明确。进而找出了确认土地流转的主体，改进产权制度、明晰土地产权，完善法律政策、规范土地经营，明确村规民约的法律效力等农村土地承包经营权纠纷的解决路径，以求在兼顾公平与效率的前提下，妥善化解和处理纠纷。