鹟亚科(Muscicapinae)与莺亚科(Sylviinae)是雀形目(Passeriformes)鹟科(Muscicapidae)中种类繁多、亲缘关系复杂的两个类群。长期以来，国内对这两个亚科鸟类系统分类和演化的研究，一直采用传统的形态学、声学、动物地理学等方法，并多沿用郑作新分类系统(1994，2000)。国外则多采用Sibley与Monroe(1993)分类系统。近年，随着分子生物学技术的迅速发展，分子系统学方法作为一种鸟类系统发育研究的手段，为研究者普遍采用，虽有国内外学者采用这种方法研究了雀形目中部分类群的发育关系，但这些研究多是针对高级阶元的划分及个别种类分类地位的探讨，对鹟亚科与莺亚科内各属的分类地位及属间、属下的亲缘关系仍缺乏系统研究，并且因国内与国外分类系统的差异，国内学者尚未涉足这两个亚科之间、以及它们与鸫亚科(Turdinae)、画眉亚科(Timaliinae)的分子系统学研究。因此，本论文工作以解决上述问题为切入点，采用PCR产物直接测序法，对鹟亚科6属16种、莺亚科12属37种鸟类的线粒体基因Cyt b全基因序列、COI基因部分序列进行测定，并联合来自GenBank的部分序列，进行序列比对、序列组成分析、系统发育信号评估，采用距离法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)等4种方法构建系统发育树。获得主要结论如下：(1)寿带属(Terpsiphone)与王鹟科(Monarchidae)的亲缘关系较鹟亚科近，应将寿带属从鹟亚科中移出，归入王鹟科。寿带属与鹟亚科的分歧年代距今大约7.0～8.5百万年。(2)扇尾鹟属(Rhipidura)与方尾鹟属(Culicicapa)亲缘关系较近，而与寿带属及鹟亚科其它属关系较远；应将扇尾鹟属升为扇尾鹟科(Rhipiduridae)，并将方尾鹟属也归入其中。(3)鹟属(Muscicapa)、仙鹟属(Niltava)和姬鹟属(Ficedula)仍应为鹟亚科下不同的三个属，而鹟属与仙鹟属可能有着更近的亲缘关系。(4)铜蓝鹟(Muscicapa thalassina)与白腹蓝鹟(Cyanoptila cyanomelana)亲缘关系很近，二者与仙鹟属鸟类也有很近的亲缘关系，应将铜蓝鹟、白腹蓝鹟分别从鹟属、姬鹟属中移出，共同归列入仙鹟属或者将它们列为仙鹟属的姐妹属。(5)鹟莺属(Seicercus)与柳莺属(Phylloscopus)有着很近的亲缘关系，它应与柳莺属鸟类归入同一分类单元，或者为柳莺属下的一个类群。柳莺属并非单系类群，属内分支较多，关系较为复杂。其中，四川柳莺与冠纹柳莺、乌嘴柳莺与极北柳莺、巨嘴柳莺与棕眉柳莺的亲缘关系较近。(6)戴菊属(Regulus)早于莺亚科独立分化为一支系，应将其单列为戴菊科(Regulidae)。它与莺亚科的分化年代距今大约7.2～9.5百万年。(7)苇莺属(Acrocephalus)可能是单系发生，它与柳莺属、树莺属、蝗莺属的亲缘关系尚不能确定。(8)缝叶莺属(Orthotomus)、扇尾莺属(Cisticola)与鹪莺属(Prinia)具有较近的亲缘关系，我们倾向于将扇尾莺属提升为科，并将缝叶莺属与鹪莺属归入其中。(9)树莺属(Cettia)、地莺属(Tesia)、拟鹟莺属(Abroscopus)之间有较近的亲缘关系，应将它们归入同一科或亚科中。研究结果不赞成将这三属归入苇莺亚科(Acrocephlinae)。(10)短翅莺属(Bradypterus)与蝗莺属(Locustella)的亲缘关系较近，应该归列到一个分类单元中。(11)对于4亚科的系统发育关系，我们的研究结果从大支水平上支持Sibley andMonroe(1993)分类系统，认为鹟亚科与鸫亚科亲缘关系较近，并互为姐妹群，共同归属于鹟总科(Muscicapoidea)；莺亚科与画眉亚科的亲缘关系较近，噪鹛属(Garrulax)、鸦雀属(Paradoxornis)与莺亚科其它属嵌套在一起，或为并系发生，两亚科共同归属到莺总科(Sylvioidea)中。扇尾鹟属、方尾鹟属与莺亚科的亲缘关系较近，但是不能归入其中，而是归列到扇尾鹟科，与莺亚科互为姐妹群关系。(12)绣眼鸟科(Zosteropidae)、噪鹛属、鸦雀属、林莺属(Sylvia)的亲缘关系较莺科其它属近，并且绣眼鸟科与噪鹛属、鸦雀属与林莺属亲缘关系更近一些。