虽然法律上对公司股权转让所得税的征收客体进行了规定,但在现实中,会发生纳税人通过税收筹划使实际交易客体与形式上的交易客体产生非一致性。通过引入实质课税原则确定真正的应纳税所得额、理解实质课税原则事实上是对税收法定原则的补充,并进而通过法律层面及经济层面具体适用实质课税原则。同时认识到针对股权转让进行反避税的核心是在纳税人诸多的法律行为中找到实际的股权转让法律事实,并将其与税法重新挂钩。我国法律法规总是以“不具有合理商业目的而获得税收利益”为避税的要件,可是“不具有合理商业目的”的出发点是经济角度且又较有主观性,现实操作性并不是很强,应从法律事实角度对避税行为进行判断,再辅之以考虑是否具备合理商业目的较为妥当。股权转让和资产转让本身是性质不同的两个行为,但是纳税人为获取税收利益,采用股权式资产转让的方式进行避税,税务机关应通过股权转让合同的实质内容及股权转让价格从而辨析其行为性质是股权转让行为还是资产转让行为。针对非居民企业间接股权转让避税的行为,除了需要尽快完善国内关于税收情报交换的法律法规,使之与国际标准趋于一致;另外,在情报交换的信息技术手段方面也需要与国际接轨,并大力提升税务情报分析人员的能力与人才的储备。在反避税程序中,无论是从维护整个反避税程序前后的统一性还是从税法原理考虑,反避税调查阶段及纠纷解决阶段都应统一由税务机关承担举证责任。国家反避税制度的建立的最终目的是实现税款的征收,而对避税公司补征税款需要税务机关综合权衡避税金额的大小、采用避税手法的主观过失程度、处罚概率等因素方能达到最佳的反避税结果;避税公司除了因股权转让避税被补征税款外,还会面临税务机关对其加收利息与滞纳金,但由于利息与滞纳金两者本身的性质不同,因此两者在计算具体金额时的起算时间点也是不相同的。