中国作为一个传统的农业大国，正在面临着不断调整现代化农业生产结构和农产品流通模式的全新挑战，如何既高效又科学地保证农产品在实际中每个流通节点的合理配送与提高整个农业生产链条的经济利益息息相关。这就要求我们在农产品供应网络上的每个节点都要综合考虑整体的效益，合理地制定和调整影响农产品流通的相关因素。而对于具有较强易变性质的生鲜农产品，在实际生产流通环节中，生鲜农产品的平均损耗率较高且生命周期较短。为了解决生鲜农产品的供销、流通环节中产生的问题，除了依靠现代冷藏物流等先进的科学技术，如何制定科学的配送模式、优化农产品供应网络结构以及有效引入第三方回收机构，将直接关系到生鲜农产品在流通过程中的效益增值以及我国农民和涉农企业的增收问题。　　本文通过行为经济学、系统动力学和复杂网络等多学科交叉，在充分考虑生鲜农产品流通特性的基础上，引入利他机制，构建基于利他偏好的供应网络演化模型。该模型能有效描述农产品供应网络中的“供应商-零售商”利益关系及整个供应链的利润水平，在此基础上，利用具有普适特性的Logit选择模型来解决供应网络结构中存在的报童问题，从而帮助供应网络节点更加合理地制定出售价和进货等行为，研究表明，供应网络的自组织性和共生性导致了供应网络节点间合作关系的复杂化，这些特性同时也维系了供应网络中各节点间的合作关系。对于整个供应网络而言，效益和稳定是整个供应网络的重要评价指标，运营成本则是整个供应网络节点选择合作伙伴的重要约束。通过对供应网络合作伙伴的评价和选择，可以提高整个供应网络的运行效率和稳定性、降低整个供应网络的运行成本。通过本文的研究，确定了以多目标最优实现零售商对供应商的选择策略，并且建立了一个基于多目标供应网络合作伙伴选择的决策模型，描述供应网络合作商如何进行最优选择的问题，在算法上采用了常用的Z值评估法对供应网络中合作伙伴选择优化问题的求解过程进行了详细探讨，建立量化的“供应商-零售商”关系评价函数。对于生鲜农产品的易变质性和短周期性，本文继续引入基于Stackelberg均衡决策的第三方回收机构[1]，构建了基于“供应商-零售商-第三方”的三级闭环生鲜农产品供应网络。通过模型数据分析证明，在分配市场利益时考虑到其他伙伴的收益，能让供应网络的稳定性和整体收益表现更好，避免造成垄断也就是形成孤立网络节点。对于供应商来说，完全的利他主义行为未必是最好的选择。事实上，供应商的利润随着利他系数η呈现凸函数变化，表明供应商在作出经济行为时适当地考虑他人的利益既有利于自己也有利于他的商业伙伴。在本文的模型中，η等于0.65左右时，供应商的利润最大，当η等于0.35左右时，整个供应网络的利润最大，当η大于0.4以后，零售商的利润变化不大。因此，供应商的利他偏好对零售商的影响有限。供应商倾向于将利他系数维持在0.4到0.6区间，市场表现更好。　　本文所做的研究，不仅能为生鲜农产品供应网络在运用系统动力学的正向和逆向演化方向上提供理论补充，而且对于供应网络中各经济实体的价格管理和回收机制的实践应用也有一定的指导意义，同时也为涉农企业采用利他机制来扩大供应网络整体利润提供了新方法和新思路，既保障了处于核心地位的农业龙头企业的利益，也能提高农民和农产品经销商的收益。