研究和揭示济宁百日鸡群体遗传多样性现状、探查文昌鸡DNA甲基化水平对其主要体重和产蛋性状的影响、揭示FSHβ基因的遗传变异及其标记基因型对鸡性早熟等繁殖性状的影响,可为从遗传上提高或改良鸡的体重和产蛋性状和培育优质鸡的标记辅助选择和早期选种提供重要数据。本研究主要从候选基因的遗传变异和DNA甲基化水平等基因表达调控方面,研究了影响优良地方鸡种群体遗传多样性及其生长与繁殖性状的遗传因素,主要研究结果如下:采用微卫星标记方法,以60只济宁百日鸡为研究对象,选用分布于家鸡的22条染色体的25对微卫星引物中多态性丰富的10对微卫星位点,检测了济宁百日鸡群体遗传多样性现状,并筛查了与其性早熟及其产蛋性状相关的分子遗传标记。共检测到29个等位基因,基因平均杂合度(H)为0.348,多态信息含量(PIC)为0.511。发现了4个微卫星座位的不同基因型早期产蛋性能之间的差异达到显著(P<0.05)或极显著水平(P<0.01)。其中,显著影响济宁百日鸡开产日龄的有利基因型分别为MCW0252位点的AA型、MCW0029位点的CC型和MCW0097位点的AA型;不利基因型分别为MCW0252位点的AB型、AC型、AD型、CD型和DD型、MCW0029位点的CD型、MCW0097位点的AC型。显著影响济宁百日鸡43周龄产蛋量的有利基因型分别为ADL0190位点的AB型、MCW0252位点的AD、BB和AC型和MCW0029位点的CC型;不利基因型分别为ADL0190位点的BB型、MCW0252位点的DD型、MCW0029位点的AE型、CD型和DD型。采用MSAP技术,检测了36只文昌鸡的DNA甲基化水平,按DNA总甲基化水平将各个体分为6组,并将DNA总甲基化水平与其体重和产蛋性状进行关联分析。结果表明:组间的总甲基化水平差异极显著(P<0.01);文昌鸡开产日龄、20周龄产蛋量、32周龄产蛋量、36周龄产蛋量、43周龄产蛋量及其46周龄产蛋量在个体总甲基化差异水平之间存在极显著的差异(P<0.01),6周龄体重及其14周龄体重在个体总甲基化差异水平之间存在显著的差异(P<0.05)。体重和产蛋性状间相关性分析表明,开产日龄与20周龄产蛋量、32周龄产蛋量、36周龄产蛋量、43周龄产蛋量及其46周龄产蛋量彼此之间,6周龄体重、8周龄体重及其14周龄体重彼此之间,20周龄体重与20周龄产蛋量、32周龄产蛋量、36周龄产蛋量、43周龄产蛋量、46周龄产蛋量、14周龄体重、18周龄体重之间相关极显著(P<0.01)。20周龄产蛋量与18周龄体重之间,20周龄体重与6周龄体重、8周龄体重之间相关显著(P<0.05)。比较研究了济宁百日鸡、芦花鸡和莱芜黑鸡FSHβ基因序列外显子1、外显子3及其内含子1的单核苷酸多态性。结果,在外显子1区域未发现单核苷酸突变位点;exon3区域发现一个单核苷酸突变位点:A2540C;内含子1区域发现两个单核苷酸突变位点:C712T和A912C。采用PCR-SSCP方法检测3种鸡外显子3区域的多态性,结果发现:济宁百日鸡和芦花鸡外显子3处均检测到AA、BB和AB三种基因型,而莱芜黑鸡只检测到AA一种基因型。克隆测序发现,检测到的单核苷酸突变位点为A2540C。统计分析结果表明:济宁百日鸡FSHβ基因外显子3区域的BB型鸡的开产日龄早于AB型和AA型鸡;AB型鸡的43周龄产蛋量多于AA型和BB型鸡,AA型鸡的畸形蛋数少于AB型和BB型鸡,但三者的差异均不显著(P>0.05)。芦花鸡FSHβ基因外显子3区域的BB型鸡的开产日龄早于AA型和AB型鸡;AB型鸡的43周龄产蛋量多于AA型和BB型鸡,AA型鸡的畸形蛋数少于BB型和AB型鸡,但三者的差异也不显著(P>0.05)。