长期以来,我国生态环境保护管理运行体制已经不再适应新时代新发展阶段的新形势新要求。原有的属地管理原则和地方保护主义,难以适应新时代发展需要,造成生态环境保护、治理和监管工作责任落实不够到位等诸多问题。党的十八大以来,以习近平同志为核心的党中央,站在新的历史起点上,高瞻远瞩,将生态文明建设提高到国家发展战略层面,提出“五位一体”总体布局。十八届五中全会提出,在全国范围内,对省级以下环保机构管理体制和模式进行起底性改革,实行垂直管理制度,改革取得了一定成效,但也存在诸多障碍,影响垂直管理改革继续推进。县级环保机构是垂直管理的一个重要层级,其改革直接关系着垂直管理的制度成效,对其改革现状进行分析研究尤其紧迫。本研究以现代组织理论和新公共管理理论为基础,充分运用文献研究法和调查法,查阅垂直管理相关的学位论文、期刊杂志、网络资源等国内外文献资料,查找相关政策和文件等。与环保机构工作人员座谈交流,与群众走访访谈,以敦煌市为例,分析了县级环保机构实施环保机构垂直管理中机构、人员、体制等进行重组和重构的情况,垂直管理对生态环境治理、管理和保护的影响等。同时分析了如何有效降低地方政府对环保机构的干预,使地方政府和环保机构之间的权责关系更加匹配,提高生态环境治理和保护工作力度及效率。综合上述研究,本文认为县级环保机构在改革过程中,要不断提高思想认识,加强基层环保队伍建设;强化基础设施保障;健全完善改革进程涉及的各项保障制度,建立健全权责清单、管理权限、考核制度、监督体系。精准把握改革关键点,做好人、财、物流转和平稳过渡,根据本地实际环境问题积极创新,探索适合本地区的模式。