独立学院是我国为了满足社会教育发展需求而鼓励各高校通过社会筹资来创立的新型办学模式,属于民办教育的重要组成部分。由于其办学资金主要来源于学生学费,教育经费数额巨大且来源有限,缺乏政府资金扶持的独立学院必须利用仅有的资金来保证学院的健康有序发展。所以必须建设行之有效的内部控制制度来保证学院资金运营的有效性。然而从现实情况来看,我国独立学院的管理者对于内部控制的重要性还缺乏认知,所以在独立学院中普遍存在制度建设不完善,亦或是在实施阶段存在众多问题。因此,研究独立学院的内部控制理论与建设,对促进独立学院的健康发展有着重要的理论和现实意义。本文主要选取了X独立学院作为具体的研究对象,对独立学院的内部控制的建设与实施情况进行研究,首先通过委托代理理论、风险均衡收益理论以及利益相关者理论为本文奠定了理论基础。其次笔者从COSO五要素的角度分析了如今我国独立学院的现状和存在的问题。然后立足于X独立学院,通过实地实习以及访谈具体环节的工作人员,了解到X独立学院的内部控制分别在单位层面和经济业务层面存在的问题。在单位层面存在财务人员专业素养差、风险意识薄弱与风险评估机制不健全、内部监控不到位、内部信息沟通渠道不畅等问题;在经济活动业务层面存在预算管理环节薄弱、采购管理不规范、工程项目管理不科学以及在会计信息处理方面存在违背《会计法》的情况,导致会计信息失真等问题。立足于发现的这些问题进行进一步地分析,表明发生这些问题的主要原因有X独立学院内部控制的观念薄弱、对于内部控制的监督检查不利以及X独立学院在会计基础工作中存在薄弱环节。X独立学院从单位层面应加强财务人员专业素质、提高风险评估意识和建立风险防范机制、加强内部监督、内部审计等解决办法;从业务层面应加强预算管理、采购管理、工程项目管理以及严格规范会计核算等解决办法。