凡纳滨对虾的种质资源关系到凡纳滨对虾养殖的可持续发展，然而目前国内没有优良的品系，主要通过引进亲虾后选育的子代来育苗。许多形态学和育种学的数据表明，随着世代的增加，繁育的子代经常出现严重的种质退化。本文使用PCR-RFLP和微卫星两种分子标记方法分析了2008年引进的SPF（Specific pathogen free）凡纳滨对虾群体G0、2006年引进的SPF亲虾繁育的第一代群体（G1）、第二代群体（G2）的遗传结构差异。主要结果如下： （1）PCR-RFLP分析中，使用AluI，TaqI，MboI，SpeI，SspI共5种限制性内切酶对凡纳滨对虾线粒体DNA控制区进行酶切分析。单酶切得到2～4个单倍型，AluI，SpeI，TaqI三种酶在个别样本中没有酶切位点。三个群体中的复合单倍型类型分别为3个，7个和9个，没有发现为三个群体所共有的复合单倍型，但在任何两个群体之间均获得一个共享复合单倍型，结果显示复合单倍型的分布在群体间差异显著。逐渐增大的核苷酸多样度及单倍型多样度说明养殖群体比进口群体具有更大的遗传多样性，聚类分析的结果说明G1和G0的亲缘关系更近。 （2）从13对凡纳滨对虾微卫星引物中筛选出多态性好的8对，对2008年引进的SPF凡纳滨对虾亲虾与2006年引进SPF亲虾繁育的第一代、第二代群体进行遗传多样性分析。8个座位共获得64个等位基因，位点的等位基因数在5～13之间。位点的多态信息含量PIC在0．4052～0．8693之间，其中有6个座位为高度多态位点，适合于多态性分析。8个座位丢失的和新产生的等位基因共30个，占总数的47％。三个群体的平均观测杂合度分别为0．1938，0．1961，0．2325，这和已报道的数据相比，三个群体的遗传多样性较低。对比每个座位的等位基因频率显示群体间差异显著，这和比较位点杂合度得到的结果不完全一致。对固定指数Fis分析显示三个世代群体中存在近交，通过对哈迪温伯格平衡检验显示所有座位均显著偏离平衡，存在杂合子缺失。通过配对Fst固定指数和Nei遗传距离分析显示三个群体之间有明显的遗传分化。雌雄个体的基因频率差异显著，说明雌雄个体可能受到不同的选择压力。根据实验结果推测近亲交配是凡纳滨对虾群体发生种质退化的原因，而较高的选择压力、遗传漂变和突变是引起遗传变异的来源。由此我们建议在良种繁育时综合使用选择育种和杂交育种的方法，例如建立独立的选育品系，然后进行杂交，以获得高的选育效率。