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RNA干扰(RNA interference,RNAi)是真核生物体内由双链RNA(double-stran-ded RNA,dsRNA)介导的降解同源RNA的现象。RNA干扰利用与靶基因同源的短小双链RNA(short interfering RNA,siRNA,通常是19bp)降解靶基因,从而抑制靶基因合成蛋白质,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型。RNA干扰是一门新兴的技术,在基因功能研究、疾病治疗、植物抗病性研究等方面具有广泛的应用前景。在RNA干扰技术的应用中,siRNA的序列设计是一个非常重要的问题。典型哺乳动物的基因长度都有若干kbp,而siRNA长度仅为19bp左右,因此靶mRNA可供选择作用的位点相当多,但实践表明对靶mRNA选择不同的作用位点设计siRNA,其抑制效果会有很大的区别,在某些位点抑制效果会很明显,而某些位点可能基本无抑制。而从实验条件及费用成本方面考虑,对靶mRNA的所有作用位点一一设计siRNA进行实验显然是不可行的,因此研究影响siRNA序列抑制靶mRNA效果的因素是很有必要的。本文从两方面研究siRNA序列抑制靶mRNA效果的影响因素:(1)siRNA序列的特点。(2)靶mRNA作用位点的二级结构及序列特点。在研究各种影响因素的前提下,利用BP神经网络对多种影响因素进行综合,在此基础上对siRNA序列的抑制效果进行预测。最后利用靶mRNA的二级结构信息对神经网络的预测结果进行进一步筛选。实验结果表明,利用该方法预测靶mRNA的有效siRNA序列,其真实有效率达到了80%以上,可以有效地为实验或应用提供参考。