黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)自然变异频率极高。四川地区的CMV缺乏系统的群体遗传分析。田间发病情况明显受蚜虫、杂草、田间配置等因素的影响,自然条件下CMV又极易与其它病原复合侵染,是四川农作物上的代表性病毒病害。基于四川的CMV群体遗传进化规律,流行因素及侵染的复杂性,本文开展了相关研究。从四川不同地域采集300余个CMV病毒样品,经过RT-PCR鉴定,扩增CMV外壳蛋白基因(coat protein,CP)序列,结合多种遗传学分析手段进行群体遗传分析。对不同田间配置下蚜虫和CMV发病情况进行调查分析,同时分析了蚜虫发生的相关生物因子;对CMV发生与杂草带毒的关联度进行调查分析。另研究了CMV与烟草赤星病菌复合侵染后,烟草的发病情况、病原积累量、膜脂过氧化程度、光合效率以及防御信号的激活。根据以上得到如下结果:一、得到的33个CMV分离物,主要属于亚组I,其中亚组IB最多。遗传分析结果表明四川地区CMV的CP中单核苷酸转换是颠换的1.69倍,四川地区CMV已经稳定存在较长时间,目前处于动态平衡。虽然受到很强的负选择压力,种群多态性较低,但群体内具明显的遗传多样性,同时与西南其他地区存在明显的基因交流。CMV的CP未发现明确定义的重组事件。二、玉米-大豆套作环境下两者行比配置2:3及2:4时,害虫防控效果最好,也影响蚜虫群体,行比配置2:3时蚜虫数最少,因病害的流行与蚜虫的发生正相关,行比配置2:3时CMV的病情指数最低。大豆的形态指标和产量在行比配置为2:3或2:4时最接近净作。另外带毒杂草显著影响作物上CMV的发生。三、CMV与烟草赤星病菌复合侵染时,烟草上两种病原物的危害症状加重,病原体侵染抑制叶绿素的合成,同时造成更严重的氧化应激损伤,相应的抗氧化酶活性和丙二醛的含量比单独接种时高。活性氧的积累导致光合系统的损伤,及光合作用效率的降低。寄主的防御反应的激活和强度与两种病原物的接种顺序有关。其中水杨酸和茉莉酸信号途径协同作用且起主要作用的是水杨酸信号通路。