中药指纹图谱作为中药质量控制的一种手段，旨在从整体上对中药进行研究，可以全面反映中药中所含的复杂成分及相互关系。通过将多种现代仪器分析技术与化学计量学的模式识别方法相结合应用于中药指纹图谱研究中，为中药的质量控制提供了有力的评价手段和广阔的应用前景。本文中利用中红外光谱法、近红外光谱法、二维荧光分析法、X-射线粉末衍射法及高效液相色谱法五种现代仪器分析技术建立了中成药清脑降压片和中药材四块瓦的化学指纹图谱，采用有效的模式识别方法提取与各自属性或性质相关的特征性指纹信息，用于中药的鉴别和质量控制。本论文的主要研究内容有以下几个方面：第一章：主要结合文献对中药的研究现状、现行中药质量控制的问题和中药指纹图谱的研究现状及意义进行了综述，详细叙述了中药指纹图谱的构建方法，并介绍了化学计量学方法在中药指纹图谱研究中的应用情况。第二章：采用中红外光谱法和近红外光谱法获取不同厂家及同一厂家不同批次的清脑降压片的全息指纹图谱，结合经典的模式识别方法（主成分分析（PCA）、线性判别分析（LDA）、偏最小二乘判别分析(PLSDA)）对不同厂家及同一厂家不同批次的清脑降压片样品进行判别分析，并首次运用中红外-近红外组合谱及其校正光谱（多元散射矫正光谱和二阶导数光谱）结合移动窗口偏最小二乘判别分析（MWPLSDA）方法，通过同时有效提取中红外和近红外两个波段中能够反映指纹分类信息微小差异性的特征优势信息，建立了最优模型，达到了正确且快速分类鉴别的目的。第三章：分别采用中红外光谱法、近红外光谱法、二维荧光分析法、X-射线粉末衍射法及高效液相色谱法五种现代仪器分析技术，构建了几种金粟兰属中药材(四块瓦)的指纹图谱，并结合化学计量学的模式识别方法（PCA、LDA、PLSDA），对7种金粟兰属中药材进行了属内不同种、种内不同采收期及同一植物不同药用部位的分类鉴别，为中药材的种属、采收期、药用部位等进行快速鉴别分析与质量评价，提供了多种可供参考的方法模型，并可推广用于中药材真伪、产地、道地性以及中成药不同厂家、不同批次产品、生产工艺稳定性考察等方面的研究，为从整体上进行中药的质量分析和控制提供了可靠的经验。