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毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)和隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)是威胁动物及人类健康的两种重要寄生虫,这两类病原体主要引起家畜及人的隐孢子虫病、微孢子虫病。对于免疫系统发育正常的宿主而言危害较小,主要是造成宿主的自限性腹泻,然而对于免疫力受到创伤的宿主而言,尤其是患有免疫缺陷病如艾滋病的宿主,则会造成严重的致命性脱水性腹泻,严重病患者可导致死亡。本实验通过提取毕氏肠微孢子虫和隐孢子虫卵囊的DNA,经过巢式PCR扩增测序,对四川阿坝地区黑水县、松潘县四个牦牛养殖场采集的200个粪便样本进行毕氏肠微孢子虫和隐孢子虫检测及基因比对序列分析。应用巢式PCR的方法,扩增ITS基因并结合测序结果比对分析,对来源于阿坝州黑水县、松潘县等地的四个牦牛养殖场粪便样本进行了毕氏肠微孢子虫卵囊基因型的检测及流行病学调查,在200份粪便样本中,检测到10份毕氏肠微孢子虫阳性感染,感染率为5%。毕氏肠微孢子虫仅在腹泻粪便样本中检测到。本次实验中共检测到毕氏肠微孢子虫的2种基因型,分别是BEB3和PtEb XI,两种基因型均属于遗传组2(Group 2)的基因型,该组基因型具有宿主特异性,仅仅对某一个单一的物种种类的宿主具有较强的感染性,不属于人兽共患基因型。在本研究中,使用巢式PCR扩增18S rRNA基因,对来自于阿坝州黑水县、松潘县等地的四个牦牛养殖场粪便样本进行了隐孢子虫卵囊的检测与流行病学调查。在200份粪便样本中,仅在牦牛犊牛的粪便中检测到确定发现了隐孢子虫的感染,感染率为0.5%,通过测序结果对比序列分析,鉴定其为牛类易感染的牛隐孢子虫虫种(与GenBank数据库序列中编号为KF128742的样本同源性高达100%),检测结果表明,阿坝州部分地区牦牛隐孢子虫病由牛隐孢子虫所引起,并且犊牛对其更为易感。通过应用此方法并整合分析多个生物标签数据,这将会对将来学者们更好的完善研究毕氏肠微孢子虫和牦牛源隐孢子虫流行病学奠定数据基础,同时为阿坝地区牦牛毕氏肠微孢子虫病以及隐孢子虫病的预防控制提供理论依据。