在我国城市化发展的过程中出现了一个棘手的问题——“城中村”，它的存在与蔓延一定程度上阻碍了现代城市的进一步发展。因此，“城中村”的改造将是各个城市面临的迫切问题。兰州市政府于2006年起开始对61个“城中村”进行改造。然而，“城中村”的改造并非易事。在改造过程中它不但要经历集体土地权属变更，而且还会涉及到集体经济的改造和农民权益的保障等多方面的因素。本文从“城中村”的现状及形成原因入手，认为快速城市化是“城中村”形成的直接原因；土地的二元所有制结构是“城中村”形成的根本原因。并从政府、村民、社会角度对“城中村”存在的问题加以全面细致的剖析。明确提出“城中村”改造的三大困境，即土地权属变更、集体资产处置和农民利益保障。首先分析“城中村”改造的基础：土地权属变更。在这一章着重分析了“城中村”的土地所有权和使用权状况以及目前各地“城中村”改造中土地权属变更的两种方式。指出土地征用作为集体土地转国有土地的唯一合法途径，在征用程序、补偿标准方面很不完善，而各地相互效仿的集体土地国有化转制又缺乏有效的法律依据，存在严重的制度缺陷；在此基础上提出兰州市“城中村”改造可以创立土地法人所有制，成立土地基金会来更好的解决“城中村”改造中的土地权属变更问题。其次对“城中村”改造的核心：集体经济加以分析。阐述了集体经济组织的内涵，存在的问题以及目前“城中村”改造中集体资产处置的方式；并对“城中村”集体经济股份制改造的现状进行了全面细致的剖析，提出了兰州市“城中村”集体经济改造的思路，建立股份制公司是集体经济改造的最好选择。最后，对“城中村”改造中最大利益主体的权益保障加以探讨，分析了目前“城中村”农民权益保障存在的问题，针对经济补偿偏低、安置方式的单一化、社会保障和就业保障的欠缺，建议兰州市“城中村”改造应该从经济补偿、社会保障、就业保障及提高农民自我保障能力来全位的保障农民权益的流失。