提高大豆单产一直是育种家的重要目标,大豆荚数是重要的产量构成因素,豆荚在大豆(Glycine max L.Merr.)植株的上部、中部、下部呈不均匀分布。为了精准、有效发掘控制荚数相关性状QTL与候选基因,本研究将荚数性状细化为垂直方向(上、中、下)一、二、三、四粒荚,采用连锁分析与全基因组关联分析相结合的方法来定位荚数相关性状,为今后荚数性状的QTL研究提供基础。本研究基于课题组前期构建的SSR图谱对荚数相关性状进行QTL分析,由于前人定位的QTL连锁区间较大,本研究在此基础上使用大豆660 K基因芯片技术进行SNP分型。采用连锁分析与全基因组关联分析(GWAS)方法对大豆荚数相关性状进行QTL定位,进一步缩小荚数性状QTL的连锁区间长度,提高荚数QTL定位的准确性。得出下列结果:1、在四向重组自交系中利用连锁分析共定位到602个QTL,不均匀的分布在大豆二十条染色体上。单个QTL的表型贡献率为0.40%-30.90%,其中,表型贡献率大于10%的QTL有52个,在多环境下共同定位52个稳定QTL。2、利用五种全基因组关联分析方法(mr MLM、FASTmr MLM、FASTmr EMMA、p LARm EB和ISISEM-BLASSO)对四向重组自交系群体进行分析,共定位到365个QTN,不均匀分布在20条染色体上。通过多种方法共同定位到114个通用QTN,其中与连锁分析结果共同定位到同一区间的、可以使用多方法或在多环境中检测到的QTN有26个,LOD值范围为3.01-8.15,PVE值范围为0.00%-22.24%。这些研究结果为今后荚数性状的QTL研究提供基础。3、在26个QTL连锁区间(覆盖基因组1000 kb以内、且PVE>10%或在多环境下重复检测到)和26个重复检测到的QTN左右100 kb内预测了11个荚数相关性状候选基因,同时候选基因Glyma.10G218400与Glyma.19G212800通过RT-q PCR试验,结果表现出对荚数相关性状的影响。本研究结果将有助于对大豆荚粒数相关性状遗传基础的进一步探索,为之后的基因功能分析提供基础,并为大豆荚数性状的分子设计育种提供理论依据与技术支撑。