狗牙根属(Cynodon Richard)植物为多年生草本植物,世界上分布极广,具有丰富的遗传变异,是暖季型草坪草中最重要的草种之一,同时又是优质牧草。我国南方地区拥有丰富的狗牙根资源,具有很高的开发利用潜力。本试验在全面调查我国南方地区狗牙根资源的基础上,以收集到的118份华南地区的狗牙根为研究材料,从形态学和DNA分子水平上首次对该地区的狗牙根遗传多样性进行研究,目的是为了探明种源材料的遗传关系,为狗牙根野生种质资源的有效保护、开发利用和核心种质的构建提供理论和科学实践数据。研究结果表明：对华南地区118份狗牙根材料的直立枝叶长、直立枝叶宽、直立枝株高、匍匐枝叶长、匍匐枝叶宽、节间直径、节间长、花序长、穗枝数、小穗数、小穗颜色、花药颜色、柱头颜色、茎的颜色、叶色和叶毛16项形态性状指标进行分析,发现变异最大的是茎的颜色,变异系数达67.38%；其次为柱头颜色,变异系数达55.54%；直立枝株高、小穗颜色、花药颜色和叶毛的变异系数都达到40%以上；变异最小的是穗枝数,变异系数为11.85%。对各项形态指标进行简单相关分析发现呈极显著正相关／负相关的形态指标有39对,呈显著正相关／负相关的的指标有17对。16项形态指标聚类分析结果表明,在阈值为1.40时将华南地区118份狗牙根材料分成九类；在阈值为1.54时将材料分成五类。利用改良的CTAB法成功的提取了狗牙根基因组DNA,通过琼脂糖和紫外分光光度计检测表明适合ISSR标记的扩增,能获得稳定、清晰、重复性好,多态性高的条带。利用正交试验设计对模板DNA含量、引物含量2个因素4个水平进行了优化分析,建立了适合华南地区狗牙根ISSR扩增的反应体系：反应总体积为15μL,其中包括模板DNA 60ng, ISSR引物10μmol/L,2×Easy Taq PCR Super Mixi[含染料)7.5μL,ddH2O3.5gL。利用优化的ISSR-PCR反应体系和筛选的14条ISSR引物对118份狗牙根进行了ISSR-PCR扩增,结果得到了210条谱带,其中多态性条带210条,平均每条引物扩增出15条带,多态性比例为100%,并利用NTSYS软件计算了各材料之间的遗传相似系数,GS值在0.4714-0.9714之间,表明华南地区狗牙根存在很高的遗传多样性。根据NTSYS软件计算的遗传相似系数矩阵,按UPGMA法对ISSR-PCR扩增结果作聚类分析发现,在遗传相似系数为0.73水平时,可把118份狗牙根材料聚为5大类。