本文简要介绍了地铁变电站自动化系统的发展概况及其功能要求，详细分析了电流纵差保护的原理和计算方法，并对比分析了光纤电流纵差保护的各种数据同步方法。对保护装置需要实现的保护和相关功能进行配置，给出了相应的保护整定原则，并按保护与控制等功能要求配置了硬件和软件，包括硬件结构和软件流程图。 本文着重分析了采样数据同步方法的实现，并对其中的采样数据调整法进行了改进，以适应弹性光纤复用通道下数据传输的情况。分析了主从CPU的同步串行通信口及装置自身的功能特点，选择采用80386EX同步串口作为线路两侧数据通信口，并对主从CPU的任务进行了合理的分析与配置。 根据地铁电力交流联络线的特点，作者提出了一种适合于短距离线路保护的参考电压零点的同步算法，并对该算法的优缺点进行了详细的分析与仿真。该方法对我国自行研制地铁线路或短线路光纤纵差保护有一定的参考意义。