跨省流域生态补偿作为流域生态补偿的一个方面,因流域跨越了相邻的两个省或者多个省而独具特性。此时的生态补偿相对于省内小流域生态补偿操作起来难度更大,情况更为复杂,必须对跨省流域生态补偿涉及到的各个利益方的利益进行协调、平衡,而这将会是一个非常艰辛的过程。虽然面临的困难众多,但是为了保护整个流域生态系统,推动流域区际的协调发展,再多的困难也要想办法解决。借鉴在经济一体化领域实施的行政协议不失为一种方法。一方面,现有的环境保护方面的行政协议给我们提供了参考,也说明了行政协议运用于流域生态补偿是有现实基础的；另一方面,由于行政协议制度本身尚有缺陷,要将行政协议无缝对接到流域生态补偿领域是不现实的,我们还需要对其可以进行完善才能适用于跨省流域生态补偿。本文共分五个部分：第一个部分“跨省流域生态补偿概述”,着重介绍了生态补偿、流域生态补偿、跨省流域生态补偿的概念。首先阐述了生态补偿的定义和支撑性理论,然后介绍了流域生态补偿的概念,现行主要的补偿方式等,再次是跨省流域生态补偿的概念——将其定义为流域生态补偿概念的子概念。第二个部分“我国实施跨省流域生态补偿的困境”,运用实证主义的方法分析目前我国的跨省流域生态补偿的现状及实施困难的原因。实例采用的是东江流域,江西、广州和香港两省一特别行政区尽管采用了多元的补偿模式,仍不能收到良好效果的原因在于：缺乏立法支持、流域管理机构权利受限、政府管理不力、信息沟通不畅和监督落实难以进行。第三部分“行政协议”,主要包括概念介绍、理论基础——契约论、以行政协议的视角看待跨省流域生态补偿等内容,得出行政协议适用于跨省流域生态补偿具有可行性的结论。第四部分“行政协议在跨省流域生态补偿中的运用”,这部分内容是本论文的重点,从经验借鉴、具体实施、过程监督、责任承担和效果预期四个方面进行了分析和设计,阐述了如何将行政协议运用到跨省流域生态补偿中来。首先介绍了西班牙、加拿大和台湾用行政协议处理环境问题的法制经验；其次,笔者在“具体实施”中拟定了协议范本；再次,主张了国家公权力和社会监督并行不悖；第四,设定了责任性质及承担责任的方式；最后,对在跨省流域生态补偿中运用行政协议的效果进行了展望。第五部分“完善行政协议制度,促进流域生态补偿”,鉴于行政协议本身现有的缺陷,建议给予实施行政协议的合法性依据,另外还需完善解决纠纷的机制,只有这样行政协议才可以和其他的生态补偿方法齐头并进,促进流域生态补偿。