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自从2014年我国首次分离到H5N6亚型高致病性禽流感病毒以来,截止至2016年12月,我国在10个省份累计发生18起H5N6亚型禽流感疫情,对家禽产业造成严重损失,同时威胁着人类的公共卫生安全。2016年,在我国华南地区共分离到19株H5N6亚型禽流感病毒,并对这些分离株进行了全基因组测序,进而分析了他们的分子特性、遗传演化及对鸡的致病性。在本研究中,19株分离毒株的HA蛋白裂解位点均为RRRKR↓G,存在4个以上连续的碱性氨基酸,符合典型的H5亚型高致病性禽流感的分子特征。NA蛋白均出现5868的颈部氨基酸缺失,潜在的神经氨酸酶抑制剂耐药性位点均未出现耐药性突变。对PB2蛋白推导的氨基酸序列分析发现,其627位均为E,具有典型禽源禽流感病毒的特征;所有毒株在701位均为D,没有发生突变。PB1,PA,NP,NS等蛋白发生部分变异。M2蛋白推导的氨基酸序列分析发现,其26位、30位和34位均未发生突变,6株病毒在第31位发生了S31N的突变,产生了对金刚烷胺药物的耐药性突变。本研究中19株H5N6亚型禽流感病毒全基因组序列分子遗传演化分析发现,本研究毒株主要位于GD-like、Eurasian lineage、EC-like、ZJ-like、VN2014-like、GD2016-like和Mix-like等不同的进化分支,其中GD-like是我国华南地区H5N6亚型禽流感病毒的优势进化分支,并且存在不同的基因型之间的基因重组现象,其中有6株毒株发生了不同基因型之间的基因重组现象。本研究毒株均位于Clade 2.3.4.4分支,且与Re-8疫苗株相比在HA抗原区发生了13个氨基酸变异。为了研究H5N6亚型禽流感病毒对鸡的致病性以及水平传播能力,分别以0.1mL103 EID50/0.1mL和0.1mL 106 EID50/0.1mL剂量点眼滴鼻感染4周龄SPF鸡,同时设定感染组和水平接触组。以0.1mL 103 EID50/0.1mL剂量感染鸡的实验结果显示,A41毒株相比其他3株毒株表现出较高的致病性和较强的水平传播能力,平均致死率为100%,同时感染组排毒持续2天;以0.1mL 106 EID50/0.1mL剂量感染鸡的实验结果显示,A41、A48、A51毒株表现出较强的致病性和较高的水平传播能力,平均死亡为23天,同时感染组排毒分别持续12天。因此,2016年在我国华南地区水禽中分离的H5N6亚型禽流感病毒对鸡表现出较强的致病性,不同剂量感染对鸡表现出不同的致病性差异和水平传播能力。同时,不同毒株对鸡也表现出不同的致病性差异,且具有不同的水平传播能力。