哈茨木霉Th-33厚垣孢子形成过程的转录组变化分析

来源 :中国农业科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhangliao19
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
木霉(Trichoderma spp.)是一类重要生防菌。目前已经有许多商品化的木霉菌制剂,其中以分生孢子制剂为主。但是分生孢子制剂存在货架期短,抗土壤抑菌作用弱等不足。厚垣孢子制剂在这些方面明显好于分生孢子制剂。然而由于诱导木霉菌厚垣孢子大量产生比较困难,目前也没有关于木霉菌厚垣孢子形成机制的报道。本实验室通过多年研究,获得了诱导木霉菌大量产厚垣孢子的培养基及培养条件,为研究木霉菌厚垣孢子形成的分子机制积累了基本的技术条件。本研究利用转录组测序技术分析哈茨木霉Th-33厚垣孢子形成过程中不同时期的转录本,筛选与厚垣孢子形成相关的差异基因,对阐明木霉菌厚垣孢子形成机制及发酵控制具有重要意义。本研究取得如下主要成果:1.对本实验室获得的厚垣孢子诱导培养基进行了优化。对原培养基不溶成分进行了提取,获得了能产生厚垣孢子的全溶培养基,并通过系统观察,确定了用于转录组测序的哈茨木霉Th-33产厚垣孢子的四个不同时期:产厚垣孢子之前:31h;产孢初期:45h;产孢中期:54h以及产孢后期:68h。2.对哈茨木霉Th-33产厚垣孢子的四个不同时期转录本进行转录组测序,获得了15773个Unigene,通过与Uniprot蛋白质数据库和NCBI非冗余蛋白数据库的比对,其中有11847个获得了注释信息,占总unigene的75.11%。3.四个时期的样本两两比较,其中产孢中期和产孢之前相比得到的差异基因数最多,有1309个,上调表达954个,下调表达355个。产孢中期和产孢初期相比得到的差异基因数最少,为252个,156个上调,96个下调。对差异基因聚类分析结果同样表明,产孢中期与产孢之前两个样本的差异最大,产孢中期和产孢初期差异最小。4.差异基因的GO功能显著性富集分析显示,四个样本一共有7287个unigene有GO注释,显著富集的GO term一共有50个。产孢中期和产孢之前两个差异最显著的样本,有726个差异基因能被GO注释,包含了34个分支。5.厚垣孢子细胞壁的两个主要组分是几丁质和葡聚糖,本研究找到了15个与几丁质有关的unigene,其中几丁质酶基因12个,11个都是差异表达基因,且产孢中期与产孢之前相比,均包含这11个差异表达的几丁质酶基因;几丁质合成酶基因3个,表达均没有差异。与葡聚糖相关的unigene一共有32个,表达差异的基因有11个,2个葡聚糖合成酶基均为差异表达。6. KEGG富集分析显示,四个样本中均显著富集的代谢途径有两条,分别是氨基糖和核苷酸的糖代谢、淀粉和糖代谢。这两条代谢途径包含许多已经报道的几丁质合成途径中的物质,说明木霉菌厚垣孢子的形成可能与几丁质代谢紧密相连。由此,我们推测出了一条哈茨木霉中可能的几丁质代谢途径,但是具体与厚垣孢子形成相关的基因和代谢途径还需进一步研究。7.选取7个与几丁质和葡聚糖相关的差异基因进行实时荧光定量PCR验证,其中3个基因与转录组测序结果一致,其余4个基因中均有一个时期的表达趋势与转录组测序结果不相符。从整体水平上看,证明本次转录组测序结果比较可信。
其他文献
针对当前国内地质公园科普推广不力的现状,运用旅游心理学与旅游营销学理论,提出"科普即营销"的理念,并以此理念为基础构建地质公园的科普体系,以推动地质公园的和谐发展。
目的探讨端粒酶反义hTR和反义hTERT联合作用于宫颈癌HeLa细胞,对HeLa细胞凋亡的影响。方法实验分空白对照组、脂质体对照组、正义hTR组、正义hTERT组、反义hTR组、反义hTERT组
传统的观念认为中性粒细胞 (neutrophils,Neu)是一分化终末细胞 ,在伤口仅仅行使杀菌、清理坏死组织的功能。近年来的研究表明 ,Neu还可分泌诸多重要的细胞因子 ,如IL 1,TNF
目的研究3、4-二羟基苯乙酮(3、4-Dihydroxyacetophenone,DHAP)对钾通道的作用.方法建立大鼠肺内动脉平滑肌全细胞膜片钳方法并观察3、4-二羟基苯乙酮对大鼠肺内动脉平滑肌细
全球化是资本主义发展的必然结果,其实质是要实现资本主义一统天下;社会主义是一项世界历史性的事业;全球化呼唤社会主义,加速了社会主义进程.
中国共产党的三代中央领导集体都对党的执政规律进行了积极的探索,提出了一系列具有重要意义的理论观点.特别是江泽民同志提出的"三个代表"重要思想,深刻揭示了中国共产党执
两个文明建设的排头兵──中国人民银行先进集体、先进工作者、优秀行长、优秀职工表彰大会在京召开近几年,中国人民银行各级领导、广大干部职工加强宏观调控、强化金融监管,为
目的观察肾宁颗粒剂对大鼠C-BSA肾炎模型的治疗作用.方法♂ Wistar大鼠56只,随机分为正常组、模型组、肾宁颗粒剂高、中、低剂量组、肾复康组、泼尼松组,每组8只.以阳离子化
一个人有了过错,无论是主观过错还是客观过错,都应该受处置。领导在处置下属过错的过程中,有时会陷入进退两难境地:处置对象认可的,众人不认可;众人认可的,处置对象又不满意。服众的
目的研究硝酸甘油(nitroglycerin, NG)和丁丙诺啡(buprenorphine, BU)两药单用及合用抗心肌缺血的药理性预适应的早期保护作用.方法♂ Wistar大鼠分为5组,行30 min冠脉结扎缺