中华虎凤蝶Luehdorfia chinensis Leech隶属于鳞翅目Lepidoptera凤蝶科Papilionidae虎凤蝶属Luehdorfia,是我国特有的一种野生蝶,是国家二级保护动物,由于其独特性和珍贵性,被昆虫学家誉为“国宝”。到目前为止,关于中华虎凤蝶的分布范围、分类地位、生物学特性、形态描述和食性研究等方面已被国内学者们报道,但关于中华虎凤蝶种群遗传分化的研究尚未见报道。本研究以我国长江中下游地区的中华虎凤蝶指名亚种L.chinensis为研究对象,基于线粒体COI基因和3个核基因非编码片段,探究了不同地理种群的种群分化,研究结果如下:1)遗传多样性分析表明,宝华山种群的遗传多样性水平相对较高,该种群与其他各种群之间的遗传分化显著;2)中华虎凤蝶种群没有显示出显著的近期快速种群扩张信号。目前,国内外学者对凤蝶科Papilionidae各亚科之间的系统发生地位仍存在较大分歧。越来越多研究表明线粒体基因组信息是研究昆虫系统发生的一个有效的工具,它能够为解决蝶类系统分类问题提供分子上的证据。因此,我们测定了绢蝶属Parnassius的一个物种小红珠绢蝶Parnassius nomion的线粒体基因组序列,并分析了其线粒体基因组基本特征:测得序列长度为14,547 bp(除控制区外),包含 13 个编码蛋白基因(ATP6,ATP8,COI-Ⅲ,ND1-6,ND4L,Cytb)、22个tRNA基因、2个rRNA基因(16S和12S)。我们结合P.nomion的线粒体基因组和GenBank中已收录的鳞翅目线粒体基因组数据,对凤蝶科的7属17种蝴蝶进行了系统发生和起源进化研究,基于线粒体基因组的13个蛋白编码基因的核苷酸序列,分别使用贝叶斯法和最大似然法构建了分子系统树,并估计其分歧时间。系统发生分析结果支持,绢蝶亚科Parnassiinae与凤蝶亚科Papilioninae并列同属于凤蝶科,不支持绢蝶科Parnassiidae这个科级阶元分类地位,支持虎凤蝶属隶属于绢蝶亚科;分歧时间分析表明,凤蝶科的分化时间大约在47百万年前,绢蝶亚科的分化时间大约在42百万年前,凤蝶亚科的分化时间也大约在42百万年前。