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鸟纲（Aves）有9000余现生种，是脊椎动物中物种最丰富的类群。鸟类的起源和系统发育关系一直备受关注，但有些地方依然存在分歧，靠单纯的形态学分析很难解决。线粒体全基因组由于具有分子结构简单、母系遗传严格、碱基突变率高及进化速度快等特点已在脊椎动物的分类和系统发育研究中发挥重要的作用。研究鸟类线粒体全基因组序列的遗传结构特征和演化历史，可以为物种系统发育地位的确定和遗传资源的保护提供理论依据。目前，Genbank中只公布了260种鸟类的线粒体全基因组序列，与庞大的物种数相比，数据十分不足。本研究中，我们通过PCR扩增、测序和拼接技术首次获得了目（Podicipediformes）小鸊鷉（Tachybaptus ruficollis），鹳形目（Ciconiiformes）小白鹭（Egretta garzetta），佛法僧目（Coraciiformes）蓝翡翠（Halcyon pileata）和冠鱼狗（Ceryle rudis）以及鹤形目（Gruiformes）红脚苦恶鸟（Amaurornis akool）和白胸苦恶鸟（Amaurornisphoenicurus）共6种鸟类的线粒体全基因组序列。6个线粒体全基因组的长度在16,688bp-17,612b之间，基因组在组成和结构特点上具有相似性：（1）包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区，其中8个tRNA和1个蛋白基因位于L链上，其余均位于H链上；（2）线粒体基因组中AT含量（53.7%~57.5%）明显高于GC含量（42.5%~46.3%），存在AT碱基偏好性；（3）控制区可分为3个区(Domain I–III)，包含了复制终止相关序列TAS，保守序列区、重链复制起始和双向启动子等。这些特点都符合鸟类线粒体基因组的结构特征。同时，6个物种的线粒体基因组也存在一定的差异：（1）小鸊鷉、小白鹭、蓝翡翠的ND3基因的第174位点存在一个额外插入的“C”，斑鱼狗的ND3基因的第175位点存在一个额外插入的“A”，而红脚苦恶鸟和白胸苦恶鸟的ND3基因不存在额外插入的“C”或“A”；（2）小、小白鹭、蓝翡翠、冠鱼狗和白胸苦恶鸟的控制区DomainIII均有不同程度的串联重复序列，而红脚苦恶鸟中不存在串联重复序列。在实验涉及的四个目中，目前只有鹳形目的线粒体全基因组序列信息较多，结合小白鹭和另外10个物种的数据对鹳形目的系统发育关系进行了分析。以雁形目2个物种作为外群，用贝叶斯法（BI）构建的系统进化树显示：（1）鹳形目的鹭科，鹮科和鹳科均为单系（BI树支持率为1.00）；（2）在鹭科中，相比夜鹭属，鹭属与白鹭属有更近的亲缘关系；（3）在鹮科中，相比朱鹮属，琵鹭属与鹮属的亲缘关系更近；（4）在三个科中，鹮科和鹳科的亲缘关系更近。我们的结果与近期发表的鹳形目分子系统发育研究的结论基本一致。本论文研究为进一步进行鸟类分子系统发育研究提供了线粒体基因组序列数据，并证明了线粒体全基因组序列信息在分子系统发育研究中的有效性。