microRNA (miRNA)是一类20-24nt长度的非蛋白质编码的内源小分子。近年来的研究发现,miRNA作为转录后基因表达调控的一个重要因子,参与表皮和毛囊的发生及周期性发育。本研究采集山羊皮肤毛囊生长期、退行期和休止期的皮肤样本,利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度测序技术,结合生物信息学的方法,对miRNA的类型、丰度、家族及靶基因进行了分析。研究结果丰富了,山羊miRNA的数量和种类,更加深刻的了解了miRNA在毛囊周期发育的表达变化。主要研究结果如下：(1)通过Solexa高通量测序技术,分别得到干净数据10644467、11951819和11032157个。对生长期小RNA分类注释获得了3381条保守的miRNA,通过归类统计后,得到miRNA316个。其中68个miRNA在山羊上保守已经在NCBI上报道；余下的248个miRNA在其他物种上保守但在山羊上未见报道。(3)通过家族分析,发现在山羊和绵羊上共表达的miRNA都被定位在了牛21号染色体的同一区段。(4)在绒周期的三个发育时期内共计得到334个保守的miRNA,其中有279个miRNA在三个时期都有表达,并找到生长期特异的miRNA15个、休止期特异的miRNA7个和退行期特异的miRNA8个。(5)此外,还鉴定得到22个新的miRNA。对新miRNA进行靶基因预测,得到预测的靶基因86519个,对靶基因进行KEGG分析发现MAPK通路对于皮肤发育有重要作用。无论是已知的和新的miRNA都通过二次测序加以证实。