以金冠族系、富士族系苹果品种（包括其父母本）和生产上常用的其它品种共55个以及12个富士系芽变品种为试材进行SSR（simple sequence repeat）分子标记研究,建立了苹果SSR分析体系;对一批苹果品种的亲缘关系进行了分析。主要研究结果如下: 1.通过条件优化建立了苹果SSR分析体系。在PCR体系中,模板DNA量为50ng,Mg²⁺、dNTP、引物和Taq聚合酶的最适浓度分别为:1.67mmol/L、0.25mmol/L、0.33μmol/L和1U/15μL。PCR产物在6%变性聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳,经银染显示DNA条带。 2.共筛选出27对SSR引物,所有引物在25个金冠族系品种中总共扩增出219个位点,每对引物检测到等位位点的个数从2-17个不等,平均每对引物有8.1个扩增位点;有12对引物对25个苹果品种的区分率均在55%以上,它们分别是1-12。用两对引物（10和11）即可区分金冠族系和富士族系的品种。SSR分子标记对苹果芽变品种的鉴定效率也很高。对SSR分子标记进行品种鉴定和品种专利保护的可行性作了分析。 3.根据12对多态性高的SSR引物的扩增结果,分别对金冠族系和富士族系苹果品种进行了聚类分析。结果表明,聚类结果与系谱分析结果基本一致。对本研究中个别系谱相同或相近的品种未聚在一起的可能原因进行了分析,认为:一、部分SSR位点与重要育种性状连锁不紧密,造成等位基因在相同或相似系谱分离后代中分布的随机性;二、育种过程中选择标准不同造成后代间较大的遗传差异;三、苹果基因组庞大,结构复杂,少量SSR标记不能完全反映全部染色体所有区域的遗传差异。与系谱分析方法相比,SSR分子标记能够更好地揭示品种间的遗传差异。