云南四须鲃隶属于鲤形目、鲤科、鲃亚科、四须鲃属。分布于澜沧江、元江水系，为产地主要经济鱼类。目前，云南四须鲃的研究仍侧重于形态学方面，而关于其遗传学方面的研究尚未见报道。因此，对云南四须鲃的遗传多样性以及种内遗传结构的问题仍未知。 本研究测定了来自澜沧江下游景洪、勐罕、曼岭和勐仑4个地点的云南四须鲃群体，共98个个体的mtDNAD-loop区的450bp的序列。所测序列中A、T的含量值高于G、C的含量，转换明显多于颠换。在这些序列中共检测到82个变异位点，包括4个插入/缺失位点，确定了32种单倍型。云南四须鲃4个种群的核苷酸多样度(π)值在0.0031和0.0254之间，提示在云南四须鲃种内存在丰富的遗传多样性。 对云南四须鲃4个群体的AMOVA分析表明：有74.29％变异的存在于种群间，25.71％的变异存在于种群内，表明云南四须鲃种群间存在显著的种群分化。同时，AMOVA分析的各地理群间遗传分化指标F-Statistics(Fst)值和种群间遗传距离值，揭示了云南四须鲃勐仑群体与其余群体发生了显著分化。中介网络图分析和N-J系统发育树分析均显示云南四须鲃4个群体分为两大支：A类群和B类群，表明这两个类群可能来自于两个不同的母系祖先。勐仑群体的所有个体存在于A类群内，与澜沧江干流群体发生了显著的遗传分化。勐仑群体与干流三个群体的个体在形态学特征无明显差异，而在遗传学水平却存在显著的差异，该现象与某些鱼类中存在的“隐含种”情况相类似。在澜沧江干流三个群体之间，景洪群体与勐罕群体之间遗传距离最小，无显著的遗传分化；曼岭群体与景洪群体和勐罕群体发生一定程度的分化。