本研究选取云南省境内怒江流域北段作为研究区域，采用SSR分子标记技术，对研究区域内的22个紫茎泽兰种群的遗传多样性和种群遗传结构进行分析。实验从60对SSR引物中筛选出3对多态性引物进行扩增，采用0/1法读取条带。3对SSR引物一共扩增出136个条带，共检测到38个特异性条带，每对SSR引物检测出的多态性条带平均为12.6。采用GenAlEx6.2、Structure2.3.3、NTSYS-PC软件进行分析，结果如下:　　所研究的22个紫茎泽兰种群间遗传多样性较高，种群水平上的多态位点百分率(P)为71.21％，Shannon信息指数(I)为0.280，Nei基因多样性指数(H)为0.176，等位基因数(Na)为1.712，有效等位基因数(Ne)为1.280。　　AMOVA分析结果表明高黎贡山百花岭、碧罗雪山知子罗和怒江河谷的紫茎泽兰存在于种群间的遗传变异分别为15％、37％和4％，对应地，存在于种群内的遗传变异分别为85％、63％和96％。紫茎泽兰的遗传变异主要存在于种群内，但种群间也出现了一定的遗传分化，分化系数(Gst)分别为0.15、0.37、0.04。PCA分析也显示三个地区（高黎贡山百花岭、碧罗雪山知子罗、怒江河谷）22个种群间存在明显的遗传变异。　　通过UPGMA聚类分析，可将22个紫茎泽兰种群分为两大亚群5个聚类群，应用Structure2.3.3进行的贝叶斯聚类分析则得到4个聚类群，显示出三个区域的种群遗传差异。　　对怒江流域紫茎泽兰种群的遗传多样性和种群遗传结构的分析，有利于了解紫茎泽兰早期入侵地区其扩散途径、生境范围与遗传多样性的关系，为该杂草的防控机制提供一定的理论依据。