作为21世纪生物学与医学发展的新趋势,生物医学信息学是医学信息学与广义上的生物信息学的融合,是研究生物医学信息,数据和知识存储、检索并有效利用,以便在卫生管理,临床控制和知识分析过程中做出决策和解决问题的科学。以计算机科学作为理论与技术支持的生物医学信息学最终的研究成果必须通过计算机来实现,从由计算机实现的事物(无论是形象的还是符号的)都是数据的这一角度来看,科学数据是贯穿于整个生物医学信息学的主线。根据科学数据的价值度量规律和投入产出规律这两大基本的经济学规律可知,共享是实现科学数据价值的最好方式。而且,从法理的角度而言,自由、平等地获取科学数据是一种基本人权。但是,随着数字化与网络化时代的到来,科学数据共享与知识产权保护之间的冲突日趋尖锐。生物医学信息学产生的数据集复杂性、专业性、高度集成性与海量整合性于一体,更是注重科学数据共享,因而从生物医学信息学的角度探讨科学数据共享与知识产权保护的冲突与协调更具典型性。本文在探讨了一般情况下的科学数据共享与知识产权保护的冲突与协调以后,总结了生物医学信息学科学数据的特点:数据的收集与使用具有伦理争议、原始数据的自然垄断性、数据二次开发对原始数据的高依附性,指出这些特点所导致的生物医学信息学特有的科学数据共享与知识产权保护的冲突,并尝试找到协调的方式。