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小麦条锈病是世界小麦生产上主要流行病害之一。该病害是由条形柄锈菌小麦专化型(Puccinia striiformis f. sp. tritici Eriks)引起的一种重要气传真菌病害。在我国曾发生多次大流行,给我国小麦生产造成严重产量损失。云南、贵州、四川三省相邻,小麦种植情况和气候条件相似,是我国小麦条锈病的常发区和易变区。逐步摸清三地小麦条锈菌群的毒性结构、分子多态性及其菌源关系,对于病害测报和防控具有重要指导意义。本项研究根据基因对基因原理,选用37个小麦抗条锈近等基因系和已知基因品系作为鉴别寄主,对来自云、贵、川三省的61份小麦条锈菌标样进行毒性鉴定,并用6对SSR引物及6对AFLP引物对120份小麦条锈菌标样进行分子多态性分析。结果表明,三省小麦条锈菌群体对目前国际上认定的绝大多数小麦抗条锈基因都存在高频率且稳定的毒性。供试条锈菌群体除对Yr5、Yr10+YrMoro、Yr24/Yr26无毒力,以及对YrSP和Yr9,Yr12,Yrcle的毒力频率低于40%外,对其余抗条锈基因均表现为高毒力。分别比较来自云贵川三省的条锈菌群体毒性,四川地区毒性最强,贵州地区最弱,云南地区居中。运用NTSYSpc软件对供试61个条锈菌所构成群体的毒性数据进行多态性和聚类分析,发现菌株间毒性相似度较高,其相似系数在0.57～1.00之间。利用6对SSR引物及6对AFLP引物对来自云、贵、川三省的120份小麦条锈菌株进行DNA多态性分析：前者共扩增出9条多态性片段,后者共扩增出50～76条条带,其中20条为多态性条带,病菌群体DNA多态性数据的聚类分析结果为SSR相似系数在0.51～1.00之间,AFLP相似系数在0.46～1.00之间,表明群体的DNA多态性较高。云、贵、川三省小麦条锈菌群体的毒性基因频率和DNA多态性相似程度均较高,说明地区间菌源交流较为频繁。条锈菌毒性多态性与DNA多态性的相关性分析结果表明,二者间缺乏显著相关性,其相关系数分别为0.07812(SSR)和0.10217(AFLP)。