从某种意义上来说,在当前市场经济条件下合作社是对现代企业制度的补充,它起到了将弱小、松散的产权交易者组织起来,提高资源的配置效率、对抗市场强势主体的单边垄断的作用。上个世纪90年代以来,随着我国农业产业化经营战略的实施,农民专业合作社制度得到了重视与发展。但是,由于分散经营的农民是市场竞争中的弱势群体,农业又具有“天然”的弱质性,因此农民专业合作社这一“弱者的联合”同样具有弱势性。与此同时,农民群体由于文化水平普遍不高,经营管理能力和法律意识也较为缺乏。在这样的前提下,实现对农民专业合作社的“自愿联合、民主管理”并使之“服务组织成员、参与市场竞争”是存有实践难度的。因此,文章从规范农民专业合作社的内部管理和经营竞争行为,保障农民专业合作社健康、有序、长远的发展的角度出发,对农民专业合作社内部法律问题进行系统而深入地探讨,并力图构建起一套符合市场经济主体运转规律的内部法律制度。本研究主要包含三个部分的内容：第一部分,对农民专业合作社法律制度进行概述：在对农民专业合作社的法人属性和法人类型进行界定的基础上,探讨农民专业合作社与相关经济主体的异同之处,并紧接着对农民专业合作社内部法律制度的构成和内部治理的理论基础展开论述。第二部分,对农民专业合作社的产权制度、财务管理与分配制度进行分析。首先论述合作社产权制度的资产所有者与惠顾者(或劳动者)合一、所有权与经营权分离两大特征；并在此基础上从农民专业合作社的法人财产权、财产归属、法人财产权的外延三个方面对其产权制度展开论述。接着对财务管理制度进行简要分析；最后,从农民专业合作社的分配项目和分配次序对盈余分配制度进行研究。第三部分,对农民专业合作社的法人治理制度进行研究。法人治理制度是农民专业合作社内部法律制度的核心,也是本文研究的重点。本部分分为四个章节,第一节从合作社法人治理结构的一般模式、我国《农民专业合作社法》的模式选择等方面对农民专业合作社法人治理制度进行概述；第二节分析了农民专业合作社法人治理社员经济参与原则、社员民主管理原则、机构分权与制衡原则等三大基本原则；第三节对农民专业合作社法人治理的组织结构进行研究,包括作为最高权力机关的成员大会,作为业务执行机关的理事会以及作为监督机关监事会；最后一节从成员大会与内部人的内部制衡、理事会与经理层的制衡、监事会与内部人的制衡三大制衡关系来论述农民专业合作社法人治理的运行机制。