论文部分内容阅读
原发性胆汁性胆管炎（Primary biliary cholangitis, PBC），旧称原发性胆汁性肝硬化，是一种慢性胆汁淤积性疾病，以肝内中小胆管的自身免疫损伤为主要特点。该病好发于中老年女性，男女发病比例约为1:9，并且PBC的发病率近年来有增高趋势。PBC的发病机制尚不明确，家族聚集性、同卵双胞胎发病的高一致性支持遗传因素在 PBC 中的作用。全基因组关联研究（GWAS）的结果也进一步确认了PBC具有很强的遗传易感性，不同人群之间PBC易感位点既有一致性，又有差异性。同时也表明在中国汉族PBC人群中开展相关遗传学研究的迫切性和必要性。为寻找中国汉族 PBC 人群特异的遗传易感位点，本课题组针对中国汉族PBC人群，利用HumanOmniZhongHua-8芯片在1126例汉族PBC患者和4036例正常人对照中进行大规模的全基因组关联分析。基于GWAS结果，CCR6基因上的多个SNP的显著性较高，P值小于1×10-5，且这些位点分为易感性位点和保护性位点两类。本课题将针对易感性位点，扩大样本量确认这些SNP是否是PBC的遗传易感位点。
目的：基于中国汉族人群全基因组关联分析结果，验证CCR6基因上的易感性SNP位点是否与中国汉族PBC显著相关，分析与PBC显著相关的SNP位点之间的连锁关系，确定主要的遗传易感位点。
方法：1、依据PBC诊断标准，本课题共收集1456例PBC患者和3316例健康对照基因组DNA样品进行病例-对照关联分析。2、采用TaqMan-MGB探针实时PCR法和Sanger测序法对验证样品进行基因分型。3、使用IBM SPSS Statistics 23.0 对SNP的分型结果进行病例-对照关联分析；使用StataSE 12.0对GWAS阶段和验证阶段的合并数据进行Meta分析；使用Haploview 4.1和PLINK 1.9对与PBC显著相关的位点进行连锁不平衡分析和条件Logistic回归分析。
结果：对GWAS阶段的易感性位点进行连锁不平衡分析发现两组独立信号，分别选择标签SNP，第一组选择rs12529876，第二组选择rs4710181和rs6905911。此外，根据连锁不平衡分析，发现CCR6双核苷酸多态性位点（CCR6DNP）中的第一个SNP rs968334在中汉族人群中与第一组信号中的 rs2301436连锁，r2=0.70。将候选 SNP 位点在 1456例 PBC 病人和 3316 例对照样品中进行基因分型。基于 GWAS 结果选择的 3 个 SNP rs12529876（P=2.51×10-5，OR=1.22，95%CI=1.11-1.33）、rs4710181（P=4.41×10-3， OR=1.14，95%CI=1.04-1.25）、rs6905911（P=2.66×10-4，OR=1.18，95%CI=1.08-1.29）在验证阶段的等位基因频率在病例和对照组间均具有显著性。Meta分析结果显示，在2582例PBC病人和 7352例对照中rs12529876（P=5.59×10-9，OR=1.22，95%CI=1.14-1.30）和rs6905911（P=2.68×10-9，OR=1.22，95%CI=1.14-1.30）达到GWAS显著水平。CCR6DNP及其包含的两个SNP rs968334和rs117912866的病例-对照关联分析显示，rs968334（P=4.80×10-4，OR=1.25，95%CI=1.10-1.42）病例和对照组间存在显著差异，与PBC显著相关，但rs117912866（P=0.93，OR=1.01，95%CI=0.79-1.29）在两组间不存在显著差异。连锁不平衡分析显示，rs4710181 与 rs6905911 连锁程度与GWAS阶段结果一致，r2=0.76，位于同一个分组。rs12529876与rs968334有一定连锁性，r2=0.66。条件Logistic回归分析显示只有rs12529876和rs968334可以消除其他所有位点的显著性，是与PBC相关的主要遗传易感位点。
结论：本研究验证了rs12529876、rs4710181、rs6905911和rs968334与中国汉族人群PBC显著相关，结合GWAS数据的Meta分析发现，rs12529876和rs6905911达到GWAS显著水平，确认 CCR6 基因是 PBC 的遗传易感基因。本研究首次在中国汉族人群中验证CCR6基因区域位点与PBC的关联性，并通过条件回归分析显示rs12529876和rs968334可以消除其他位点的显著性。后续分析将进一步寻找rs12529876和rs968334的功能性连锁SNP，为进一步研究CCR6基因在PBC发病机制中的作用提供支持。
目的：基于中国汉族人群全基因组关联分析结果，验证CCR6基因上的易感性SNP位点是否与中国汉族PBC显著相关，分析与PBC显著相关的SNP位点之间的连锁关系，确定主要的遗传易感位点。
方法：1、依据PBC诊断标准，本课题共收集1456例PBC患者和3316例健康对照基因组DNA样品进行病例-对照关联分析。2、采用TaqMan-MGB探针实时PCR法和Sanger测序法对验证样品进行基因分型。3、使用IBM SPSS Statistics 23.0 对SNP的分型结果进行病例-对照关联分析；使用StataSE 12.0对GWAS阶段和验证阶段的合并数据进行Meta分析；使用Haploview 4.1和PLINK 1.9对与PBC显著相关的位点进行连锁不平衡分析和条件Logistic回归分析。
结果：对GWAS阶段的易感性位点进行连锁不平衡分析发现两组独立信号，分别选择标签SNP，第一组选择rs12529876，第二组选择rs4710181和rs6905911。此外，根据连锁不平衡分析，发现CCR6双核苷酸多态性位点（CCR6DNP）中的第一个SNP rs968334在中汉族人群中与第一组信号中的 rs2301436连锁，r2=0.70。将候选 SNP 位点在 1456例 PBC 病人和 3316 例对照样品中进行基因分型。基于 GWAS 结果选择的 3 个 SNP rs12529876（P=2.51×10-5，OR=1.22，95%CI=1.11-1.33）、rs4710181（P=4.41×10-3， OR=1.14，95%CI=1.04-1.25）、rs6905911（P=2.66×10-4，OR=1.18，95%CI=1.08-1.29）在验证阶段的等位基因频率在病例和对照组间均具有显著性。Meta分析结果显示，在2582例PBC病人和 7352例对照中rs12529876（P=5.59×10-9，OR=1.22，95%CI=1.14-1.30）和rs6905911（P=2.68×10-9，OR=1.22，95%CI=1.14-1.30）达到GWAS显著水平。CCR6DNP及其包含的两个SNP rs968334和rs117912866的病例-对照关联分析显示，rs968334（P=4.80×10-4，OR=1.25，95%CI=1.10-1.42）病例和对照组间存在显著差异，与PBC显著相关，但rs117912866（P=0.93，OR=1.01，95%CI=0.79-1.29）在两组间不存在显著差异。连锁不平衡分析显示，rs4710181 与 rs6905911 连锁程度与GWAS阶段结果一致，r2=0.76，位于同一个分组。rs12529876与rs968334有一定连锁性，r2=0.66。条件Logistic回归分析显示只有rs12529876和rs968334可以消除其他所有位点的显著性，是与PBC相关的主要遗传易感位点。
结论：本研究验证了rs12529876、rs4710181、rs6905911和rs968334与中国汉族人群PBC显著相关，结合GWAS数据的Meta分析发现，rs12529876和rs6905911达到GWAS显著水平，确认 CCR6 基因是 PBC 的遗传易感基因。本研究首次在中国汉族人群中验证CCR6基因区域位点与PBC的关联性，并通过条件回归分析显示rs12529876和rs968334可以消除其他位点的显著性。后续分析将进一步寻找rs12529876和rs968334的功能性连锁SNP，为进一步研究CCR6基因在PBC发病机制中的作用提供支持。