改革开放后，我国通过以科技拨款制度改变为中心的机制改革，农业科研体制中开始引入市场机制。一九九九年中共中央国务院关于“加强技术创新，发展高科技实现产业化”的决定又指明农业应用性科研应向企业转制，按市场规律运作。但是，到目前为止，我国的农业科研体制依然是以政府为主导的体制，存在很多弊端：农业应用性科研向企业转制还不到位；农业科研人员内激励不足，外激励缺乏；资金投入分散且形不成合力，科研成果停留在低水平重复阶段；科研单位缺乏主动出击寻找市场的动力和机制，农业科技与经济长期处于相互脱节的两张皮状态，科研单位的付出得不到相应的回报，经费严重不足，农业科技队伍不稳，人才流失，创新乏力。其结果是我国的农业科研缺乏重大突破性创新，创新成果很难转化为现实生产力，致使我国农产品科技含量低，在国际市场上缺乏竞争力。如何激励农业应用性科研人员形成重大创新成果，并关注其成果的转化不仅仅是一个理论问题，也是一个实践性很强的问题，论文以组织理论、制度创新理论、管理创新理论、激励理论为基础，在实践动态方面分析了具有代表性的美国和日本的农业科技体制，并比较分析了我国的农业科技体制及其存在问题，有针对性地提出了通过组织形态的创新和一系列管理制度的改革，形成以利益机制为中心、外激励与内激励相结合的整体性激励机制。 全文包括六个部分。 第一章导言 本章对本文的研究范围及内涵，选题的背景，选题的目的和意义，研究思路方法和可能创新之处作了论述。本文可能的创新之处：(1)通过组织形态创新和一系列的制度改革，把农业应用性科研、农业龙头企业、农民融合在一起，形成整体性激励机制。(2)应用激励机制理论于农业经济组织形态。 第二章农业应用性科研创新激励机制动态研究首先，论述了农业应用性科研创新激励机制的国内外理论研究动态：国内方面研究了农业科研与生产相分离的障碍因素及农业科技运行机制。国外理论研究动态方面有组织理论、制度创新理论和管理创新理论、激励理论。从而得出有效率的组织，通过在制度上做出安排和确立所有权，能够对个人提供以利益为中心的激励。然后又从实践动态方面分析了美国、日本的农业科技体制。美国创办私人研究机构，把农业应用性研究推向市场；日本完善的基层组织“农协”上联科研单位，下联分散的农产。理论动态与实践动态为我国农业应用性科研组织形态的创新和形成以利益为中心的激励机制的构建提供了理论基础和可供借鉴的经验。 第三章我国农业科技体制的变迁及其存在的问题 从农业应用性科研成果的供给、需求、双向沟通三方面来研究。我国的农业科研机构的行政依附性及“官本制、利本制”为主导的管理制度造就严重的官僚体制，科研人员得不到来自市场的利益激励，从而扼杀了农业科研人员的积极性和创新活力；分散经营的农户也缺乏应用农业科技的积极性。针对以上分析，通过组织形态的创新和一系列的制度改革，使农业应用性科研或与农业企业紧密结合或进入农业龙头企业，农业科研人员拥有一定的股份，形成以利益为中心的外激励。同时组织形态的创新可以消除以户为单位的小规模经营的农户在应用农业科技成果时的弊端，调动他们的积极性。 第四章组织形态的创新 农业应用性科研组织创新的形态大概有三种：农业高科技园形态；以科研单位为依托的科研与开发相结合的形态；“农业科研单位＋龙头企业＋农户”的组织形态。最后一种组织形态将农业科研人员、农业龙头企业、农民三方的利益紧紧联系在一起，形成以利益激励为中心的整体激励机制，所以本文主要对最后一种组织形态重点研究。主要研究了该组织形态中农业科研单位与龙头企业结合的方式、龙头企业与农户的结合方式、“农业科研单位＋龙头企业＋农户”组织形态的运行机制。在运行机制中主要研究了动力机制、激励机制、投资机制。 第五章制度改革 建立农业应用性科研单位向企业转变的制度，培育和扶持龙头企业和龙头企业集团，利用物质激励和精神激励、促使企业家人才的产生。通过一系列的制度改革确保“农业科研单位＋龙头企业＋农户”的组织形态能顺利运行，科研成果迅速转化为生产力。 第六章国家外部环境条件的创建 本章的目的是为农业应用性科研创新的激励机制创造良好的外部条件。从以下三个方面论述：农业科技体制创新、加强法制建设、加快农村城镇化建设。