以跨国企业为先驱的全球化趋势加速了各国对创新型战略的实施进程，随即中国也加入建设创新型国家的行列。城市作为创新要素最集中的区域，它的创新能力自然决定着国家层面的创新能力，因此，创新型城市的建设在中国的版图上如火如荼的进行。本文以熊彼特“创新理论”和区域创新系统理论为依据，选择南京与杭州这两个城市作为研究区域创新能力的空间区域，着重计算了这两座城市在2008-2012年之间的区域创新能力，并纵向地比较了这一能力的大小，找出了影响这两座城市创新能力的主要因子，在此基础上概括出了这两座城市的创新模式，分析了南京创新能力不如杭州的原因并提出了提升南京创新能力的几条对策建议。本文的主要工作和可能的创新性成果如下：首先，为了科学地评价宁杭的创新能力，本文构建了一个有三个层级（分别是模块层、领域层、指标层）的区域创新能力评价指标体系，该指标体系由创新投入能力、创新产出能力及创新支撑能力三个领域层领衔的29个分量指标构成。文中对这29个指标在2008-2012这五年内的具体数值进行了简要的对比分析，得出的初步结论是杭州的创新环境总体上要优于南京的创新环境。然后，通过因子分析法计算出了宁杭在2008-2012年的创新能力的具体数值，对该数值进行了纵向的对比分析，找出了影响这两座城市区域创新能力大小的“核心因子”，结合“核心因子”的经济学含义并进行必要的提炼之后，概括出了这两座城市的创新模式，把南京的创新模式概括为“核心企业研发与收益因子+开放因子+教育因子”模式，把杭州的创新模式概括为“环保因子+开放因子+知识产权因子+教育因子”，并得出了杭州的创新模式优于南京的创新模式的结论。最后，找出了南京创新能力不如杭州的几个方面的原因，针对原因提出了几条提升南京区域创新能力的对策措施。