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第一部分：
目的：云南省丘北县的麻风病发现率持续较高，提示麻风病仍在传播，但有关麻风病的传染源和传播方式仍不十分清楚。因此有必要检测水、土壤中是否存在麻风杆菌，探究水、土壤是否充当麻风杆菌的病原体库。
方法：从麻风病流行程度不同的村庄采集水、土壤，从中分离出微生物、提取DNA：巢式PCR扩增后直接测序，用基本的局部比对搜索工具(BLAST)与美国国立生物技术信息中心(NCBI)序列数据库(GenBank)中的标准序列进行比较，以确认PCR产物是否为麻风杆菌特异性重复序列。
结果：从36个采样点采集的59份水样中，有29份PCR阳性，其中18份标本测序后能确认含麻风杆菌。从7个采样点采集的11份土样中有7份PCR阳性，其中3份标本测序后能确认含麻风杆菌。
结论：本研究提示麻风病流行村庄的水、土壤中存在麻风杆菌。为提高检测的准确性，应采用纯化的DNA；结合麻风杆菌VNTR基因分型和活性鉴定，了解环境中麻风杆菌的来源及生存状况，为证实环境中麻风杆菌对麻风病流行的影响提供依据。
第二部分：
麻风杆菌，水，土壤目的云南省丘北县麻风病发现率持续不降提示麻风病仍在传播。为了解可能的影响因素，本研究在预试验发现丘北县流行村环境水中存在麻风杆菌的基础上，试图建立敏感、特异和可靠的分子学方法检测水中麻风杆菌，分析水能否作为麻风病的潜在传染源，影响流行区麻风病的持续传播。
方法：①将含109M．leprae的菌悬液1:10系列稀释5次至104M．leprae/ml，稀释液分别为无菌纯水与来自流行区的澄清和浑浊水，后者经PCR—直接测序未检出麻风杆菌。用粗提法和QIAGEN研制的DNAStoolMiniKit、DNAMiniKit提取DNA，巢式PCR扩增麻风杆菌特异性重复序列(RLEP)，了解PCR可检测的最低检测菌量即分析灵敏度。②从流行区有、无患者村和非流行区普通村分别采集60份和10份水样，依据其外观采用不同方法提取DNA；用两种反应条件进行巢式PCR，DNA测序后，经BLAST比对确定麻风杆菌的检出率；44份样品还同时扩增麻风杆菌特异性16SrRNA基因。③为检测是否存在抑制物而导致假阴性，在PCR阴性样品的反应体系中，加入10pg麻风杆菌纯化DNA作为内对照，再次PCR扩增。
结果：①分析灵敏度试验：试剂盒提取DNA的纯度高于粗提DNA的；对含麻风杆菌的浑浊水，DNAStoolMiniKit的最低检测菌量(4×103条菌)优于粗提法的(4×104条菌)；用DNAStoolMiniKit提取浑浊水样DNA，退火温度62℃、35个循环和退火温度60℃、40个循环的最低检测菌量均为4×103条菌，但前者的非特异扩增较后者的少。②巢式PCR的阳性率为52.9％(37/70)，59.5％(22/37)的PCR阳性样品经测序确认含麻风杆菌；但有40.5％(15/37)的PCR阳性样品，因PCR产物浓度过低或非特异扩增，DNA测序未确认含麻风杆菌。44份样品同时扩增RLEP和16SrDNA，PCR阳性率分别为61.4％(27/44)、38.6％(17/44)，两基因经测序确认的麻风杆菌检出率均为29.5％(13/44)。采用内对照试验证实阴性样品均为真阴性。③非流行区普通村水样未检出麻风杆菌。流行区有、无患者村水样麻风杆菌的检出率分别为41.3％(19/46)和21.4％(3/14)，两者的差异无统计学意义；有、无患者村公共饮用水麻风杆菌的检出率分别为57.1％(12/21)、28.6％(2/7)，两者的差异无统计学意义。流行区有患者的村庄，患者和健康人家内饮水麻风杆菌的检出率分别为50％(6/12)、7.7％(1/13)，两者的差异有统计学意义。
结论：自然环境中未经任何消毒处理的水样，由于腐殖酸等杂质的存在和微生物多样性的影响，仅依据PCR产物的凝胶电泳来判断结果并不完全可靠。检测环境水、土壤中麻风杆菌或其它难以培养鉴定的微生物，DNA测序应作为金标准；尽管本研究已尝试多种方法提高敏感性、特异性，但仍需深入探讨影响水中麻风杆菌检测的因素。麻风病流行区的环境水、土壤是否可作为麻风杆菌的“自然储库”，需对流行区环境中的麻风杆菌进行长期监测，结合新病例数等流行病学指标综合分析。