项目制极大地改变了我国的行政体制，成为中央和地方、地方各级政府之间进行资源配置的一个重要模式，已渗透到国家社会经济的各个方面，包括对社会组织的治理，这也是近年来我国地方政府进行社会治理体制机制创新的探索和实践。虽然表现出偏向技术的专家治国思维模式，但项目实施过程中政府和社会组织会受到某些因素的影响而夹带着多重意图，其中表现突出的一个特点是政府在项目运行过程中对社会组织的嵌入式监管，社会组织妥协于这种嵌入，以此获得政府的资源支持。这种新型的政府-社会关系构成了一种独特的治理模式，即社会组织嵌入式治理。　　社会组织嵌入式治理体系是由治理主体、嵌入方式和嵌入过程组成的集合体。政府通过项目制嵌入到社会组织中，政府与社会组织的关系不再是过去的支配与被支配的关系，而是监控与合作并存。党组织的嵌入对社会组织起到政治保障和思想动员作用，能使社会组织在发展的道路上不至于偏离方向，正确发挥党组织的作用，能够为社会组织争取到更多的资源和力量。企业和社会公众在治理中理应发挥更大的作用，是社会组织治理重要的协同力量。政府的嵌入具有多层面，多视角的特点，形成各种交叉融入、普遍联系的复杂嵌入系统。在项目的运行过程的各个阶段，政府采取不同的嵌入策略，形成全方位、全过程的嵌入式监管。　　社会组织嵌入式治理机制是以关系治理和契约治理为基础的隐性和显性规则和制度的组合。在项目制的公共服务供给过程中，政府对社会组织的“隐性购买壁垒”、扶植、内部化购买以及排他性竞争是政府嵌入性的一种表现，是政府基于关系规范的治理机制，虽然形式上仍属于“委托-代理”模式，即采取正式的制度来约束双方行为，但实质上却以关系治理为主。研究发现，政府在治理过程中的不同阶段，对不同关系范围的社会组织采取不同的治理机制。关系治理与契约治理的应用程度有所不同，总体来讲，高契约治理表现出的政府与社会组织的合作关系比较成熟，高关系治理适用于嵌入式治理初期，可用以培育和孵化社会组织。　　政府职能转移、服务型政府建设的战略目标为社会组织提供了发展契机，社会组织力量的壮大也为政府行政改革目标的实现奠定了基础，政府和社会组织在项目制中都有各自的利益追求和目标选择，从而表现出嵌入式治理的特点。采用扎根理论的方法探究社会组织嵌入式治理动因，更容易构建中国特定情境下的动因模型，从研究结果来看，嵌入式治理实践受到政治、经济、社会、文化等多方面因素的影响，这是嵌入式治理前因的探讨。社会组织嵌入式治理的绩效评估是测量这项治理实践后果和实效的重要方法，从政府、社会组织和社会受众等三个主体出发来设计指标体系。对案例的实证分析结果发现，社会组织的嵌入式治理是有效的，能够使社会组织得到良好发展，也基本满足了受众的服务需求，但还存在着一些缺陷和问题：社会组织严重依赖政府资源、项目缺乏竞争、人才和经费缺乏保障，服务受众覆盖面也比较窄。　　社会组织嵌入式治理的优化，应从治理主体的能力建设、治理网络的构建和完善、治理机制的科学选择以及制度建设为主的治理保障等四个方面着手。政府能力从决策能力、学习能力和战略规划能力等三个方面进行；针对社会组织服务中出现的各自为政现象，提出构建以枢纽型组织为核心的公共服务网，从网络结构、主体关系和实践路径三个方面做了设想和规划；构建以契约治理为主、关系治理为辅的治理机制；社会组织嵌入式治理的保障措施，应从制度建设入手，构建分工协作、问责制度、资源共享制度、监督保障制度等四项制度，并加强公共服务的项目评估。